科研产出
雅鲁藏布江下游弧唇裂腹鱼的遗传多样性和种群结构
《中国水产科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：雅鲁藏布江是青藏高原上最大的河流之一,也是生物多样性保护工作的热点区域,弧唇裂腹鱼(Schizothorax curvilabiatus)主要分布于雅鲁藏布江下游干支流水域,是当地的代表性鱼类。本研究以雅鲁藏布江下游3个江段的弧唇裂腹鱼为研究对象,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)开发了单核苷酸多态性(SNP)位点,分析了雅江墨脱干流、帕隆藏布和察隅河3个弧唇裂腹鱼地理群体的遗传多样性和种群结构。遗传多样性结果表明,除等位基因数外的其他指标中(杂合度、Nei’s多样性指数、多态性信息含量、香农指数),墨脱种群的遗传多样性最高,察隅种群次之,帕隆种群最低;连锁不平衡分析表明帕隆种群受到的自然正向选择较大,其适应环境的能力更强;遗传分化分析表明墨脱种群与帕隆种群、察隅种群之间存在低程度的遗传分化(0.05
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气候变暖诱发青藏高原盐湖变淡对拉果错卤虫形态变化和遗传变异的影响
《中国水产科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：青藏高原是我国盐湖和卤虫(Artemia)资源分布最为丰富的地区之一。为探究近20多年来青藏高原经历的气候变暖和盐湖盐度下降对高原盐湖生物形态和遗传学特征的影响,本研究选取1996年和2021年西藏拉果错盐湖卤虫进行培养和形态学测量,并基于简化基因组测序(specific-locus amplified fragments sequencing, SLAF-seq)技术对两个年代卤虫遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明,1996年卤虫在复眼间距、第二触角长和抱握器外周长指标上均极显著(P<0.01)大于2021年卤虫。遗传分析结果显示,两个群体间遗传多样性差异较小,多态信息含量(PIC)分别为0.268和0.269,属于中度多态性(0.25 关键词：
青藏高原
卤虫
遗传多样性
遗传结构
种质资源
气候变暖
盐碱水
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基于ISSR标记的西藏22份葱属材料的遗传多样性分析
《植物资源与环境学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：采用ISSR标记对收集自西藏多地的22份野生和地方葱属(Allium Linn.)材料进行遗传多样性分析，并探讨了材料间的遗传关系。结果显示：基于筛选出的20个引物，22份葱属材料共扩增出211个条带(位点),其中多态性位点208个，多态性比率达到98.6%,平均每个引物扩增出10.6个位点；每个位点的观测等位基因数均值为2.0,其中有效等位基因数均值为1.6,Nei's基因多样性指数均值为0.37,Shannon's信息指数均值为0.54,表明供试22份葱属材料具有较高的遗传多样性水平。供试22份葱属材料的遗传相似系数在0.43～0.87之间，遗传距离在0.14～0.84之间，其中，15号香葱(A.schoenoprasum Linn.)与18号香葱、12号青甘韭(A.przewalskianum Regel)与13号青甘韭以及13号青甘韭与14号青甘韭间的亲缘关系较近。聚类分析结果显示：在遗传相似系数0.35处，供试22份葱属材料可聚为6组，青甘韭和韭葱(A.porrum Linn.)与韭菜(A.tuberosum Rottler ex Spreng.)和香葱间的亲缘关系较近，遗传相似系数在0.83～0.86之间，遗传距离在0.15～0.19之间；粗根韭(A.fasciculatum Rendle)与韭菜、10号香葱和大花韭(A.macranthum Baker)间的亲缘关系较远，遗传相似系数在0.64～0.68之间，遗传距离在0.39～0.44之间。综合研究结果表明：供试22份葱属材料间的变异程度较大，具有较丰富的遗传多样性，部分材料体现出一定的来源地域一致性特征，其遗传关系基本符合传统分类结果。
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西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析
《华北农学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过mtDNA ND1 探究6 个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据.利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛 6 个群体共 95 头个体ND1 基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2 等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树.结果表明,西藏牦牛群体ND1 基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78 个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670 和0.004 21,Tajima's D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱.此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16 种单倍型可分为2 个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在2 个母系起源;与其他牛种进行聚类分析,发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源.西藏牦牛遗传多样性十分丰富,其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富,6 个牦牛群体存在2 个母系起源.
关键词： 西藏牦牛 ND1基因 遗传多样性 系统进化 遗传分化
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基于mtDNA COX3基因对西藏特色牦牛群体遗传结构的分析
《草业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为探究西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，本研究利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、类乌齐牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、桑日牦牛、江达牦牛7个群体共140头个体的mtDNA COX3基因蛋白质编码区（CDS）序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、MEGA 7.0软件分析了其序列多态性、单倍体多样性，并构建了系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体的COX3基因CDS序列长度均为781 bp，共检测获得55个变异位点。在140头个体中共检测出11种单倍型，平均单倍型多样性（Hd）及核苷酸多样性（Pi）分别为0.665和0.00480，说明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。西藏7个牦牛群体可分为2大类，类乌齐牦牛单独聚为一类，其余牦牛群体为一类。此外，11种单倍型可分为2个聚类簇，说明西藏牦牛可能存在两个母系起源。西藏7个牦牛群体可划分到家牦牛、原牛和普通牛三大单倍型群体中，其中Hap＿2、Hap＿3、Hap＿4、Hap＿6、Hap＿7、Hap＿8、Hap＿10、Hap＿11这8个单倍型属于家牦牛支系，Hap＿5和Hap＿9属于原牛和普通牛支系，Hap＿1属于野牦牛支系，说明家牦牛、原牛和普通牛是西藏牦牛的混合母系起源，但受家牦牛影响较大。研究结果旨在为西藏牦牛的演化、遗传多样性以及遗传资源保护和利用提供理论依据。
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西藏自治区马铃薯地方品种遗传多样性分析
《中国马铃薯 》 2020
摘要：为了探讨西藏自治区马铃薯地方品种的遗传多样性水平和遗传差异,利用基因测序分型(Genotyping-by-sequencing,GBS)技术对24个马铃薯地方品种和1个主栽品种进行遗传多样性分析.25个马铃薯品种观测杂合度(Ho)为0.24,期望杂合度(He)为0.19,有效等位基因数(Ne)为1.29,多态性信息含量(PIC)为0.16,核苷酸多态性(PI)为0.19,显示马铃薯的遗传多样性水平较低.遗传分化系数、遗传距离、群体进化树和主成分分析显示所有参试品种分为3个类群,遗传分化水平整体较高,但部分品种间的遗传分化系数较低.
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西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
《畜牧与兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。
关键词： 藏山羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化树
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西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析
《家畜生态学报 》 2019 北大核心
摘要：为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。
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西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究
《西南民族大学学报(自然科学版) 》 2019
摘要：为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.
关键词： 藏黄牛 线粒体DNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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基于MHC遗传标记的改则县本地牦牛与半野血牦牛群体遗传多样性评估
《现代农业科技 》 2019
摘要：本研究利用MHC基因区域2个遗传标记(BF1和BM1258)对改则县的本地牦牛(GZD,16头)和半野血牦牛(GZY,18头)进行遗传多样性评估。结果表明,BF1位点的期望杂合度(HE=0.719 96)和多态信息含量(PIC=0.660 63)以及等位基因数(NA=11)都要高于BM1258位点(HE=0.567 73、PIC=0.455 53、NA=6),但BF1位点的观测杂合度(HO=0.303 31)小于BM1258位点(HO=0.664 71)。就群体而言,GZD的期望杂合度为0.672 7±0.093 4(HE±SD)、观测杂合度为0.556 3±0.089 2(HO±SD)以及PIC为0.585 34,均高于GZY。GZD的近交系数(FIS=0.178)小于GZY(FIS=0.337)。通过2个微卫星位点基因型共构建了17种单倍型,GZD中含有12种单倍型,GZY中存在11种单倍型。在单倍型水平上,GZD的期望杂合度(HE)为0.875 9,观测杂合度为0.800 0±0.103 3,多态信息含量为0.832 3,也略高于GZY相关参数。2个群体之间的遗传分化指数在2个水平差异不显著,FST=-0.013 70(位点水平),FST=-0.003 00(单倍型水平)。总体而言,2个牦牛群体的MHC免疫区域遗传多样性丰富,暗示其抗病性和适应性遗传基础优秀,2个群体遗传差异不明显,加之半野血牦牛种群近交系数偏高,故建议对2个群体采取混群合并保种,提高种畜利用率,防止近交系数持续增高。
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