科研产出
西藏牦牛mtDNA COⅡ基因序列特征及系统进化分析
《西北农业学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系以及为西藏牦牛资源的合理保护和利用提供理论依据。对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅡ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性。通过Kimura-2-Parameter双参数模型和邻近法(NJ)构建系统进化树等方法分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类。结果表明:西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅡ全序列长度均为684bp,无内含子,共编码227个氨基酸。T、C、A和G 4种核苷酸平均比例分别为28.5%(27.3%~28.8%)、22.7%(22.1%~23.8%)、34.3%(34.1%~34.6%)和14.5%(14.3%~14.6%);G+C平均含量为37.2%,A+T平均含量为62.8%,存在明显的碱基偏倚性。17个西藏牦牛类群的mtDNA COⅡ共有10种单倍型,单倍型多样性值为0~0.844,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.551、0.008 57,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏牦牛细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ中亮氨酸平均含量最多(14.97%),半胱氨酸的平均含量最少(0.88%)。碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为8.36%、11%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为50.22%、49.77%。从mtDNA COⅡ来看,西藏17个牦牛类群可分为4大类,即错那牦牛(CN)、仲巴牦牛(ZB)、嘉黎(JL)牦牛、斯布牦牛(SB)、江达牦牛(JD)、工布江达牦牛(GB)、丁青牦牛(DQ)、康布牦牛(KB)、日多牦牛(RD)、巴青牦牛(BQ)为一类,桑日牦牛(SR)、聂荣牦牛(NR)、隆子牦牛(LZ)、帕里牦牛(PL)、申扎牦牛(SZ)为一类,桑桑(SS)牦牛和类乌齐(LWQ)牦牛单独各成一类。
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利用SSR引物分析西藏青稞种质资源的遗传多样性
《麦类作物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了评价西藏青稞种质资源的遗传多样性,用260对SSR引物对来自青藏高原主要农区的75份青稞育成品种、17份野生大麦、39份青稞地方品种和44份国外大麦材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,从260对SSR引物中筛选出23对多态性高的引物,占筛选引物的8.1%。23对SSR引物在西藏野生大麦中共扩增出稳定、清晰的条带92条,多态性条带为81条,其比例为88.04%;在西藏青稞地方品种中共扩增出稳定、清晰的条带89条,多态性条带为78条,其比例为87.6%;在青稞育成品种中共扩增出稳定、清晰的条带109条,多态性条带98条,其比例为89.9%;在引进材料中共扩增出稳定、清晰的条带64条,多态性条带53条,其比例为82.8%。遗传多样性分析结果为青稞育成品种(0.9882)>西藏野生大麦(0.8033)>西藏青稞地方品种(0.5820)>国外大麦材料(0.4218)。聚类与主坐标分析表明,实验材料可以清楚的分为4类,西藏野生大麦分在两个类群,西藏青稞地方品种分在两个类群,引进大麦材料分在一个类群,青稞育成品种分在四个类群。同一来源地区的青稞育成品种遗传基础较为狭窄,不同地区间的青稞育成品种遗传差异较大。以上结果说明,在西藏青稞新品种选育和遗传改良中,在发掘和利用西藏野生大麦资源、西藏青稞地方品种资源的同时,更应该加强不同地区青稞育成品种资源的交换和配合使用。
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利用内含子切接点引物分析西藏青稞种质资源的遗传多样性
《大麦与谷类科学 》 2013
摘要：采用26条内含子切接点引物(ISJ),对50份来自藏区的青稞育成品种、50份西藏近缘野生大麦、44份西藏青稞地方品种,共144份供试材料的遗传多样性进行了分析。结果分析表明,筛选利用22对多态较好的引物或引物组合对实验材料进行扩增,不同引物或引物组合扩增条带数变幅为3~12。144份材料间GS值变化变幅为0.06~0.96之间;群体内的平均GS大小顺序依次为,西藏青稞地方品种>西藏近缘野生大麦>藏区青稞育成品种;遗传多样性分析顺序依次为西藏近缘野生大麦(1.5964)>藏区青稞育成品种(1.5841)>西藏青稞地方品种(1.1657)。对统计条带并建立[1,0]矩阵,聚类与主坐标分析表明,以144份材料的GS值0.40(L)为阈值,可将其划分为七类。研究结果表明,同一来源地区的青稞育成品种遗传基础较为狭窄,而不同地区间的藏区青稞育成品种遗传差异较大;在进行青稞超高产新品种选育时,应充分发掘西藏近缘野生大麦和利用不同地域来源的育成品种,加强不同地区间资源的交换,以利于增加群体材料的遗传多样性和新品种的培育。
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中国大麦育成品种(系)的遗传多样性
《应用与环境生物学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了解我国大麦育成品种(系)的遗传基础现状,利用位于大麦7个连锁群上不同位置的25对SSR引物对来自国内不同区域的大麦推广和新育成品种(系)的遗传多样性及其亲缘关系进行分析.结果表明,25对SSR引物在73个大麦品种间均有多态性扩增,每一对引物检测到的等位基因数目在2-6之间,平均为3.92个.SSR引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.252-0.780,平均为0.569.遗传多样性分析发现,我国不同大麦产区的皮大麦品种(系)间遗传相似性系数(GS)变化范围为0.661-0.767(平均值0.714),青藏高原地区青稞品种(系)间遗传相似性系数变化范围为0.533-0.925(平均值0.699),表明目前国内皮大麦和青稞的遗传多样性均较差、品种遗传背景单一.通过聚类分析,在遗传相似系数0.671水平处,42份皮大麦材料聚为2大类;在遗传相似系数0.618水平处,31份青稞材料聚为5大类,来源地相同的材料通常聚在同一大类或亚类,材料聚类结果与其地理来源有一定相关性.本研究表明SSR标记具有较好的遗传变异检测能力,对大麦品种(系)间的遗传多样性评价可为我国大麦育种过程中亲本材料的选择和利用提供重要依据.
关键词： 大麦 育成品种(系) SSR标记 遗传多样性 聚类分析
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六个半细毛羊品种遗传关系的研究
《中国草食动物科学 》 2013
摘要：应用微卫星技术对云南半细毛羊、凉山半细毛羊、贵州半细毛羊、彭波半细毛羊、罗姆尼羊和考力代羊基因组DNA进行了17个微卫星位点多态性分析,以期为半细毛羊品种的遗传关系做出评价,同时为这些品种的合理开发利用提供理论依据。研究结果表明:6个研究群体PIC值均大于0.5,表明遗传多样性都极为丰富;遗传分化关系的研究表明,6个群体Nm值均在1以上,Fst值均在0.6以下,说明群体间可能存在一定的基因迁移或者有较近的亲缘关系,其中贵州半细毛羊和考力代羊间存在最大的基因流(Nm=12.065)、最小的变异系数(Fst=0.020 3)、最高的遗传一致度(0.862)及最小的遗传距离(0.148),显示出两个群体较近的亲缘关系;UPGMA聚类图显示6个群体聚为两个大支,贵州半细毛羊、考力代羊、彭波半细毛羊聚为一支,云南半细毛羊、罗姆尼羊及凉山半细毛羊聚为另一支。
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西藏牦牛微卫星DNA的遗传多样性
《遗传 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了解西藏牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,文章选用8对微卫星标记引物,利用PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率(P)、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和遗传距离(D),对西藏11个牦牛类群共480个个体进行了遗传多样性和系统进化分析。结果表明:(1)8个微卫星标记在西藏牦牛类群中均表现出多态性,且均属高度多态位点,遗传多样性丰富;(2)8个微卫星标记的平均多态信息含量在西藏牦牛类群中均高于0.5,其中HEL13最高为0.8496,TGLA57最低为0.7349;在11个牦牛类群中,桑日牦牛的平均多态信息含量最高(0.7949),该群体内部存在较多的遗传变异;丁青牦牛最低(0.7505),则群体相对较纯;(3)在11个牦牛类群中,其杂合度大小分别为:桑日(0.8193)>江达(0.8190)>桑桑(0.8157)>巴青(0.8150)>康布(0.8123)>嘉黎(0.8087)>工布江达(0.8054)>斯布(0.8041)>类乌齐(0.8033)>帕里(0.8031)>丁青(0.7831),西藏东部牦牛的遗传多样性较西部的遗传多样性大,预示西藏东部可能是牦牛的发源地之一;(4)根据遗传距离,用UPGMA法构建聚类关系,表明西藏11个牦牛类群可以分为三大类,即嘉黎牦牛、帕里牦牛、桑桑牦牛、巴青牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛聚为一类,斯布牦牛、工布江达牦牛、桑日额牛、江达牦牛聚为一类,丁青牦牛单独成为一类。综上所述,西藏牦牛的遗传多样性较丰富,所选微卫星标记可用于西藏牦牛遗传多样性的评估。
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西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析
《畜牧兽医学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树。结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1 140bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系。
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西藏光核桃自然居群遗传多样性的SRAP分析
《草业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用SRAP标记对来自西藏境内的4个光核桃自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。选用20对引物对4个居群的70份材料进行扩增,检测到338个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率为63.96%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.194 3和0.295 5。在物种水平上,多态位点百分率为89.89%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.246 0和0.383 9。居群间的遗传分化系数为0.170 9,居群间的基因流为1.213 0。UPGMA聚类图中,70个个体未按4个居群各自聚在一起。结果表明,光核桃遗传多样性水平较高,居群间遗传分化较小,居群间的基因交流程度较高。
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