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资源类型: 中文期刊
关键词:SNP(模糊匹配)
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雅鲁藏布江下游弧唇裂腹鱼的遗传多样性和种群结构

中国水产科学 2024 北大核心 CSCD

摘要:雅鲁藏布江是青藏高原上最大的河流之一,也是生物多样性保护工作的热点区域,弧唇裂腹鱼(Schizothorax curvilabiatus)主要分布于雅鲁藏布江下游干支流水域,是当地的代表性鱼类。本研究以雅鲁藏布江下游3个江段的弧唇裂腹鱼为研究对象,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)开发了单核苷酸多态性(SNP)位点,分析了雅江墨脱干流、帕隆藏布和察隅河3个弧唇裂腹鱼地理群体的遗传多样性和种群结构。遗传多样性结果表明,除等位基因数外的其他指标中(杂合度、Nei’s多样性指数、多态性信息含量、香农指数),墨脱种群的遗传多样性最高,察隅种群次之,帕隆种群最低;连锁不平衡分析表明帕隆种群受到的自然正向选择较大,其适应环境的能力更强;遗传分化分析表明墨脱种群与帕隆种群、察隅种群之间存在低程度的遗传分化(0.05

关键词: 弧唇裂腹鱼 SNP 遗传多样性 遗传结构 基因流

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西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

中国畜牧兽医 2020 北大核心

摘要:试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响,寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象,利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP,利用飞行时间质谱技术对SNP分型,利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明,WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP1和SNP2),HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP3和SNP4),均处于中度多态(0.25SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。关联分析结果表明,4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关(P<0.01),SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关(P<0.01),SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关(P<0.01)。综上,WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响,可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一,为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。

关键词: 西藏绒山羊 WNT4基因 HOXC13基因 纤维直径 SNP 遗传效应

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绵羊KAP1.1基因多态性与毛纤维直径的相关性分析

华北农学报 2012 北大核心 CSCD

摘要:以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性及其与羊毛纤维直径的相关性。结果表明:中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30个碱基的插入/缺失和6种基因型,分别为(341 bp)AA基因型、(311 bp)BB基因型、(281 bp)CC基因型、(341 bp/311 bp)AB基因型、(341 bp/281 bp)AC基因型和(311 bp/281 bp)BC基因型。AA、BC、AC、AB和CC基因型间的毛卷曲度、细度离散、毛长、污毛重、净毛率和密度差异不显著(P>0.05),而BB基因型羊只的平均纤维直径显著小于AA、BC、AC、AB和CC基因型羊只的平均纤维直径(P<0.05)。以上结果表明,KAP1.1基因可作为绵羊毛纤维直径的主要候选基因之一,BB基因型可作为分子标记用于预测绵羊毛纤维直径。

关键词: 中国美利奴羊(新疆军垦型) KAP1.1基因 SNP 纤维直径

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