科研产出
基于线粒体ATP6及Cytb基因多态性研究藏山羊高原适应性
《畜牧兽医学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为了探究藏山羊ATP6和Cytb是否具有潜在的高海拔适应性突变,本研究利用藏山羊(n=157,来自西藏地区的8个群体,海拔高度>3500 m)与低海拔山羊(n=104,来自欧亚大陆50个群体,海拔高度<1000 m)两组261条A T P6和C y tb序列,对核苷酸组成、遗传多样性、单倍型网络以及基因突变对蛋白结构域功能影响进行比较分析.结果,在A TP6和Cytb中分别鉴定出33和67个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中错义突变均为6个.值得注意的是,A TP6 m.8102A>G(Ile→Met;P=0.0006)和Cytb m.14794A>G(Thr→Ala;P=0.0077)是低海拔山羊群体特有的错义突变,由此形成的单倍体H27和Ha36与高原适应性呈显著负相关(H27,P=0.0070;Ha36,P=0.0123).进一步分析推测,这两个突变阻碍了质子跨膜的正常功能,并影响了质子或电子在OXPHOS中的转移,从而导致了低海拔山羊和藏山羊之间呼吸作用效率的差异.本研究通过对线粒体ATP6和Cytb基因编码区多态性到功能的相关分析,初步推测了藏山羊高海拔低氧适应性机制,为高原适应性相关研究提供了一定的见解.
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西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析
《家畜生态学报 》 2019 北大核心
摘要：为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。
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基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P<0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P<0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。
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