科研产出
西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化
《生态学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。
关键词： 西藏牦牛 mtDNA D-loop区 遗传多样性
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西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei's遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei's遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。
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大花黄牡丹遗传多样性的SRAP分析
《林业科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用SRAP标记对西藏特有植物大花黄牡丹的遗传多样性进行研究。用16对引物从5个自然居群79个单株中共检测到396个有效位点,其中多态性位点357个。在物种水平上,多态位点百分率(Ppl)为90.15%,Shannon表型多样性指数(Ηsp)平均为0.2521;居群水平上的Ppl为31.82%,Shannon表型多样性指数(Ho)为0.0694～0.3428,平均值(Ηpop)为0.1307。上述遗传参数表明,大花黄牡丹具有丰富的物种遗传多样性,5个居群中自然居群C的遗传多样性最高(Ppl=82.32%,Ho=0.3428)。据AMOVA分析结果,总的变异中有41.58%的变异存在于居群间,58.42%的变异存在于居群内,居群分化较显著(ΦST=0.4158,P<0.001),由POPGENE1.32得到的居群间遗传分化系数GST(0.4309)和Shannon表型多样性指数计算的居群间遗传多样性所占比例(0.4816)也表明了类似的遗传结构。Mantel检测表明地理距离和Nei's遗传距离间相关不显著(P>0.05)。利用NTSYSPC(2.1)软件构建大花黄牡丹5个居群79个个体的UPGMA聚类图,遗传相似系数变幅在0.47～0.99,大多数居群内的个体表现出较为密切的亲缘关系(如居群B,D,E),但也有一些居群的个体未聚在一起(如居群C)。依据大花黄牡丹居群遗传变异特点,初步探讨其保护和利用策略。
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西藏白菜型油菜遗传多样性分析
《西藏农业科技 》 2012
摘要：本研究利用SSR分子标记技术分析了169份来自西藏不同地区的白菜型油菜材料的遗传多样性。从本实验室已有SSR引物中筛选出23对扩增效果较好的引物用于聚类分析。结果表明:23对引物共扩增出80条条带,平均每对引物扩增出3.5条带,条带大小在50-400bp之间;在相似系数为0.50、0.53、0.56、0.59、0.62和0.70,供试材料可被划分为2类、4类、6类、9类、14类和29类。根据分子标记的聚类结果,可以初步判定这些油菜的亲缘关系,但是需要进一步结合这些材料的形态和地理分布特点,才能知道材料的起源和分化状态。
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西藏牦牛mtDNA COⅢ全序列测定及系统进化关系
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378—0.844。表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性。③在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%。碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%。④从mtDNA COⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系。【结论】西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点。
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西藏小麦地方品种醇溶蛋白的遗传多样性分析
《西藏农业科技 》 2011
摘要：为了从资源角度评价丰富的西藏地方小麦品种资源,以促进西藏丰富的小麦资源在西藏小麦的遗传育种与改良中的合理有效利用。采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)技术,对571份西藏地方小麦品种的醇溶蛋白遗传多样性进行了分析。结果分析表明:共产生104条相对迁移率不同的带纹,变异范围为0.1751%～89.14%,多样性指数的变异范围为0.0111～0.3679。每份材料谱带数目在9～23之间,平均每一份材料可分离出16.18条谱带;ω区存在34种变异类型,γ区存在20种变异类型,β区存在22种变异类型以及α区存在28种变异类型。ω、γ、β和α四个分区遗传多样性指数分0.1920、0.2432、0.2470、0.2100。不同生态区的遗传多样性指数从大到小依次为Ⅲ>Ⅰ>Ⅱ>Ⅳ>Ⅴ。在不同生态区内ω、γ、β和α四个分区也存在差异,均是ω区和α区变异类型多,均高于β区和γ区,但ω区、α区遗传多样性指数低于β区和γ区,也表明了在不同生态区内β区和γ区为遗传多样性丰度高,均匀度好。571份材料经聚类分析在遗传相似系数为0.17水平上时全部聚为一类。聚类分析表明,若以所有材料的平均遗传相似系数0.24(L)为阈值,可将571份西藏地方小麦品种划分为七大类。
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西藏牦牛mtDNA COⅢ序列测定及系统进化关系
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据.[方法]对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类.[结果]①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基.4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性.②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378-0.844.表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性.⑦在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%.碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%.④从mtDNACOⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系,[结论]西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点.
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西藏半野生小麦与西藏小麦地方品种Glu-B3位点的遗传多样性分析
《西藏科技 》 2011
摘要：利用10对STS引物分析142份西藏半野生小麦和136份西藏小麦地方品种的低分子量谷蛋白亚基Glu-B3的遗传多样性,以明确西藏小麦种质低分子量谷蛋白亚基的Glu-B3位点分布。结果表明:142份西藏半野生小麦、136份西藏小麦地方品种在Glu-B3位点等位基因分别为6种和9种,且出现频率最高的均为Glu-B3c(分别占总数的85.91%、70.58%),出现频率最小的分别为Glu-B3i(16.90%),Glu-B3g(2.94%)。西藏半野生小麦、西藏小麦地方品种在Glu-B3位点共有51种组成类型,其中前者有31种,后者有28种,出现频率最高的组成类型为c(分别占18.31%、32.35%),两群体中共同出现的组成类型有Glu-B3(b+c)、Glu-B3c、Glu-B3(c+d)、Glu-B3(c+d+i)、Glu-B3(c+i)、Glu-B3(d+i)、Glu-B3fg、Glu-B3i共8种。西藏半野生小麦、西藏小麦地方品种在Glu-B3位点遗传遗传多样性指数分别为1.8108、1.9542,而组成类型遗传多样性指数没有差异;聚类与主座标分析表明,所有材料间遗传相似系数变化范围在0.09～1.00之间,平均为0.3462。研究表明,西藏半野生小麦和西藏小麦地方品种之间在Glu-B3位点的等位基因种类与组成类型、群体遗传多样性指数均存在差异。西藏小麦种质资源Glu-B3位点具有丰富的遗传多样性,群体间与群体内遗传距离较大。
关键词： 西藏半野生小麦 低分子量谷蛋白亚基 遗传多样性 Glu-B3
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西藏主要农区青稞品种的遗传多样性分析
《作物学报 》 2007 北大核心 CSCD
摘要：采用内含子切接点引物(intron-splice junction primer)和长随机引物的PCR分子标记方法,对来自西藏主要农区的29个青稞育成品种和3个农家种的遗传多样性进行了分析。结果表明,选用的5个引物共扩增出稳定清晰的条带39条,其中26条(66.7%)为多态性条带。根据PCR扩增的条带建立[1,0]型数据矩阵,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,并据此进行聚类分析,结果表明,西藏主要农区青稞品种间有一定的遗传差异,但总体遗传差异较小,遗传基础相对狭窄;聚类结果与各品种的实际生产利用情况较为接近,可以反映出这些青稞品种较为明显的区域特征。
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