科研产出
西藏光核桃自然居群遗传多样性的SRAP分析
《草业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用SRAP标记对来自西藏境内的4个光核桃自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。选用20对引物对4个居群的70份材料进行扩增,检测到338个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率为63.96%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.194 3和0.295 5。在物种水平上,多态位点百分率为89.89%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.246 0和0.383 9。居群间的遗传分化系数为0.170 9,居群间的基因流为1.213 0。UPGMA聚类图中,70个个体未按4个居群各自聚在一起。结果表明,光核桃遗传多样性水平较高,居群间遗传分化较小,居群间的基因交流程度较高。
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大花黄牡丹遗传多样性的SRAP分析
《林业科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用SRAP标记对西藏特有植物大花黄牡丹的遗传多样性进行研究。用16对引物从5个自然居群79个单株中共检测到396个有效位点,其中多态性位点357个。在物种水平上,多态位点百分率(Ppl)为90.15%,Shannon表型多样性指数(Ηsp)平均为0.2521;居群水平上的Ppl为31.82%,Shannon表型多样性指数(Ho)为0.0694～0.3428,平均值(Ηpop)为0.1307。上述遗传参数表明,大花黄牡丹具有丰富的物种遗传多样性,5个居群中自然居群C的遗传多样性最高(Ppl=82.32%,Ho=0.3428)。据AMOVA分析结果,总的变异中有41.58%的变异存在于居群间,58.42%的变异存在于居群内,居群分化较显著(ΦST=0.4158,P<0.001),由POPGENE1.32得到的居群间遗传分化系数GST(0.4309)和Shannon表型多样性指数计算的居群间遗传多样性所占比例(0.4816)也表明了类似的遗传结构。Mantel检测表明地理距离和Nei's遗传距离间相关不显著(P>0.05)。利用NTSYSPC(2.1)软件构建大花黄牡丹5个居群79个个体的UPGMA聚类图,遗传相似系数变幅在0.47～0.99,大多数居群内的个体表现出较为密切的亲缘关系(如居群B,D,E),但也有一些居群的个体未聚在一起(如居群C)。依据大花黄牡丹居群遗传变异特点,初步探讨其保护和利用策略。
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西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei's遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei's遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。
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西藏光核桃SRAP-PCR反应体系的优化和引物筛选
《北方园艺 》 2011 北大核心
摘要：以西藏12份光核桃种质为试材,采用正交设计,从dNTPs、Mg~(2+)、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素5个水平来优化SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了筛选。结果表明:光核桃25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL 10×buffer,0.35 mmol/L dNTPs,1.5 mmol/L Mg~(2+),0.4μmol/L引物,20 ng模板DNA和2.5 U Taq DNA聚合酶。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTPs浓度影响最大,模板DNA的影响最小。应用该体系从40个引物组合中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合23个。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为利用SRAP标记技术进行光核桃遗传多样性研究提供了依据。
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SRAP在西藏木瓜属种质资源研究中的应用
《果树学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：利用正交设计,首次对西藏木瓜属植物SRAP-PCR反应体系中的引物浓度、Taq酶、dNTPs、模板DNA、Mg2+在4个水平上进行优化,建立了木瓜属植物SRAP-PCR反应的最佳体系:25μL反应体系中,含10×buffer2.5μL,引物浓度0.4μmol·L-1,Taq酶1.0U,dNTPs浓度0.3mmol·L-1,模板DNA70ng,Mg2+浓度2.0mmol·L-1。用引物组合M1E7和M3E18检验上述优化体系,结果显示该体系具有较高稳定性。在此基础上,用筛选的28对SRAP引物组合对21份西藏野生木瓜资源总DNA进行SRAP-PCR扩增,共检测出420个位点,其中多态性位点数363个,多态性位点百分率为86.67%。为此,SRAP分子标记可用于木瓜属植物遗传多样性的研究。
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