科研产出
牦牛miR-378前体克隆及组织表达分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆牦牛miR-378的前体序列,阐明其组织表达规律,结合bta-miR-378靶基因的生物信息学预测和分析,探讨miR-378在牦牛生长发育过程中的调控功能。采用PCR方法成功克隆类乌齐牦牛miR-378前体序列,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-378-3p在各组织中的表达模式,结合生物信息学软件TargetScan、DAVID以及数据库NCBI、miRbase等对miR-378进行保守性分析、靶基因预测及其生物学功能分析。结果表明,miR-378在各物种间高度保守,且miR-378-3p在各组织中广泛表达,其中在臀大肌中表达水平最高,显著高于其他组织(P<0.01),在臀脂中的表达高于卵巢、大脑、乳腺和肝脏。获得的272个靶基因主要参与细胞分化、细胞发育、大分子代谢等多个生物学过程,涉及孕酮介导的卵母细胞成熟、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路等,由此推测,miR-378可能在卵泡发育、卵母细胞成熟过程中起关键作用,进而影响母牦牛的繁殖性能。
关键词： 牦牛 miR-378 克隆 组织表达 生物信息分析
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牦牛酪蛋白基因家族的克隆及组织表达分析
《中国畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P>0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P<0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。
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类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P<0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。
关键词： 牦牛 黄牛 egl-9家族缺氧诱导因子1基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析 荧光定量PCR
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牦牛HYOU1基因克隆及组织表达分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为探究HYOU1基因在牦牛中的组织表达谱,通过对西藏牦牛HYOU1基因的CDS区进行克隆测序,分析该基因的结构和功能,采用RT-PCR技术检测黄牛和牦牛肺脏、心脏、肝脏、乳腺、大脑及肌肉中HYOU1基因的相对表达量。结果表明:(1)HYOU1基因CDS区长度为3 006 bp,其中A、G、C和T含量分别为25.0%、31.1%、26.7%和17.1%,存在一定碱基偏好性;发现1个(ACG→ACA)SNP位点,为同义突变。(2)生物信息学分析表明该蛋白呈中性,为较不稳定、亲水性分泌信号蛋白;存在一个跨膜螺旋(TMhelix)区位于13-35氨基酸位置;二、三级蛋白结构分析发现其主要的空间构象为:无规则卷曲及α-螺旋。(3)聚类分析显示,西藏牦牛与野牦牛的遗传距离最近,与瘤牛及普通牛的遗传距离次之,与水牛最远。(4)RT-PCR结果显示HYOU1基因在黄牛和牦牛肝脏、乳腺、肺脏、大脑、心脏、肌肉6个组织中均有表达,且相对表达量依次递减;在相同组织中,黄牛组织的表达量均显著高于牦牛组织中的表达量(P<0.05),其中黄牛肝脏组织的表达量为牦牛表达量的4.4倍。
关键词： 牦牛 黄牛 HYOU1基因 生物信息学分析 组织表达谱
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基于MHC遗传标记的改则县本地牦牛与半野血牦牛群体遗传多样性评估
《现代农业科技 》 2019
摘要：本研究利用MHC基因区域2个遗传标记(BF1和BM1258)对改则县的本地牦牛(GZD,16头)和半野血牦牛(GZY,18头)进行遗传多样性评估。结果表明,BF1位点的期望杂合度(HE=0.719 96)和多态信息含量(PIC=0.660 63)以及等位基因数(NA=11)都要高于BM1258位点(HE=0.567 73、PIC=0.455 53、NA=6),但BF1位点的观测杂合度(HO=0.303 31)小于BM1258位点(HO=0.664 71)。就群体而言,GZD的期望杂合度为0.672 7±0.093 4(HE±SD)、观测杂合度为0.556 3±0.089 2(HO±SD)以及PIC为0.585 34,均高于GZY。GZD的近交系数(FIS=0.178)小于GZY(FIS=0.337)。通过2个微卫星位点基因型共构建了17种单倍型,GZD中含有12种单倍型,GZY中存在11种单倍型。在单倍型水平上,GZD的期望杂合度(HE)为0.875 9,观测杂合度为0.800 0±0.103 3,多态信息含量为0.832 3,也略高于GZY相关参数。2个群体之间的遗传分化指数在2个水平差异不显著,FST=-0.013 70(位点水平),FST=-0.003 00(单倍型水平)。总体而言,2个牦牛群体的MHC免疫区域遗传多样性丰富,暗示其抗病性和适应性遗传基础优秀,2个群体遗传差异不明显,加之半野血牦牛种群近交系数偏高,故建议对2个群体采取混群合并保种,提高种畜利用率,防止近交系数持续增高。
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线性模型与机器学习模型对牦牛体重预测的比较
《现代农业科技 》 2019
摘要：本研究测定革吉那布地区102头2岁龄的牦牛相关体尺性状(体高、体长和胸围)与体重,按不同比例划分训练集和测试集,利用传统的一般线性模型方法和机器学习方法(高斯过程回归、支持向量机)分别构建体尺性状与体重之间的回归预测模型,比较线性回归模型与机器学习模型在利用体尺性状预测体重时的准确性。结果表明,随着训练集数据的增加,线性回归模型的预测结果较稳定在0.71～0.80之间,而机器学习方法的预测准确性最高可达0.91。在训练集数据充足的情况下,相比于一般线性模型的方法,利用机器学习方法进行预测具有更高的准确性。
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西藏半野血牦牛与普通牦牛的毛绒品质分析与比较
《现代农业科技 》 2019
摘要：本研究选择成年半野血牦牛与改则县牧场成年普通家养牦牛各10头(公母各5头),以其被毛为试验样品进行了半野血牦牛与普通牦牛毛、绒品质及强度分析.结果表明,半野血牦牛与普通牦牛之间毛拉伸长度、毛与绒的细度、自然长度、断裂伸长、断强力、功、强度、EYS1.5、屈服点以及伸长率均无显著差异(P﹥0.05).但发现其绒的拉伸长度差异显著(P﹤0.05).家养牦牛的绒拉伸长度更大,绒质量更为优异.其差异可能与人工饲养有关,营养摄入较半野血牦牛更为丰富充足,且家养牦牛性情温顺,打斗情况较少,被毛品质得到保护,因而家养牦牛的绒毛更适合进行毛纺生产.
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不同部位牦牛肉氨基酸、脂肪酸含量分析与营养价值评价
《肉类研究 》 2019 北大核心
摘要：为明确不同部位牦牛肉氨基酸、脂肪酸等营养物质含量,采集西藏那曲牦牛的上脑、里脊、外脊、米龙、臀肉、腱子肉、腹肉、肩肉及胸肉9个部位分割肉,测定其蛋白质、脂肪、灰分、氨基酸和脂肪酸组成。结果表明:不同部位牦牛肉的蛋白质含量为19.30%～24.20%,其中腹肉中蛋白质含量最低,外脊中最高;脂肪含量为1.03%～22.47%,腹肉中脂肪含量显著高于其他各部位,米龙、外脊、臀肉和肩肉中脂肪含量较低,不足1.5%。在测定的18种氨基酸中,谷氨酸含量最高,其次是赖氨酸、天冬氨酸、亮氨酸和精氨酸;腹肉中氨基酸含量显著低于其他部位(P<0.05),9个不同部位牦牛肉中必需氨基酸占总氨基酸的比例为39.03%～40.00%,与联合国粮农组织/世界卫生组织的推荐值接近;里脊和外脊能够满足所有膳食氨基酸需要,上脑、米龙、臀肉、腱子肉、腹肉、肩肉及胸肉中,缬氨酸是限制性氨基酸。脂肪酸总量由大到小为腹肉>上脑>里脊>臀肉>外脊>胸肉>肩肉>腱子肉>米龙,油酸、棕榈酸和硬脂酸是牦牛肉中主要的脂肪酸,二十二碳六烯酸、二十碳五烯酸等n-3脂肪酸含量较少,n-6/n-3比值高于膳食推荐值。以常规营养组分、氨基酸组成和脂肪酸组成分别进行聚类分析,总体可分为腹肉、上脑与其他部位肉三大类。综上所述,不同部位牦牛肉中蛋白质、脂肪、氨基酸及脂肪酸等营养物质含量存在差异。
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