科研产出
查吾拉牦牛线粒体全基因组序列及系统发育分析
《中国草食动物科学 》 2023
摘要：为了解查吾拉牦牛(Bos grunniens)线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释.结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16323 bp,其核苷酸组成分别为:A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%.总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因(ND1~ND6、ND4L、COX1~COX3、ATP6、ATP8和CYTB),以及1个非编码控制区(D-loop).ND6和8个tRNA基因(tRNA-Ser、tRNA-Pro、tRNA-Glu、tRNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNA-Gln)均编码在轻链上,其余基因编码在重链上.系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近.综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良.
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基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：WRKY是植物中一类重要的转录因子,广泛调控了植物的生长发育和逆境胁迫应答。基于青稞白粉病侵染幼苗的转录组测序数据,本研究鉴定得到41个青稞WRKY转录因子,被划分为3个大组:Ⅰ组（6个）、Ⅱ组（21个）和Ⅲ组（12个）。另外,Hv WRKY40和Hv WRKY41没有分组。青稞WRKY基因进化分析的聚类结果和分组结果一致,进一步支持了我们分组的正确性。包括HvWRKY2、HvWRKY8、HvWRKY13、HvWRKY34和HvWRKY41,以及HvWRKY4、HvWRKY7、HvWRKY20、HvWRKY26和HvWRKY30在内的两组WRKY基因,表现出明显的先升高（36 h和72 h）,后降低（168 h）的基因表达趋势。这些WRKY基因很可能参与了调控青稞抗白粉病的分子应答机制。青稞WRKY家族的蛋白相互作用网络中,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9属于网络中的主要中心节点。此外,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9、Hv WRKY30、HvWRKY34、Hv WRKY38、Hv WRKY39彼此之间相互作用,是蛋白互作网络的核心网络。本研究挖掘了青稞的WRKY家族成员,系统分析了家族成员的分组、家族成员的WRKY保守域特点、家族成员之间的进化关系、白粉菌侵染下的基因表达水平和家族成员的蛋白互作网络。本研究可为今后青稞的抗逆研究提供优良的候选WRKY基因。
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西藏尼玛县羊传染性脓疱病毒B2L和F1L基因的遗传进化分析
《动物医学进展 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为研究西藏尼玛县羊传染性脓疱病毒遗传进化现状,采集了西藏尼玛县内某养殖户中疑似患羊传染性脓疱的患羊唇部分泌物,采用病毒分离、PCR、基因克隆、测序等技术,将分离株的B2L、F1L和ORF020基因与GenBank公布的部分流行株相应序列进行对比分析.结果显示,B2L基因在核苷酸水平显示96.4%~98%的同源性,与吉林分离株(MG712417)的同源性最高,为98%,与广东分离株(KY053526)的亲缘关系最近,同源性为97.9%;F1L基因在核苷酸水平显示95.3%~97.5%的同源性,与陕西分离株(KJ139957)的亲缘关系最近,同源性为97.5%;ORF020基因在核苷酸水平显示95.1%~99.5%的同源性,与陕西分离株(KJ139958)亲缘关系最近,同源性为99.5%.基于B2L、F1L、ORF020遗传进化分析表明,CPDV在不同地理环境和宿主中存在基因差异,但总体表现出保守性,同时表明西藏尼玛县境内CPDV流行的复杂性,研究结果可为该地区CPDV防控等相关研究提供参考.
关键词： 羊传染性脓疱病毒 B2L基因 F1L基因 遗传进化
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西藏牦牛mtDNA-Cytb及ZFY基因遗传多样性与系统进化分析
《家畜生态学报 》 2019 北大核心
摘要：为进一步了解西藏牦牛的遗传多样性及系统进化关系,通过对申扎、斯布、类乌齐和帕里4个西藏牦牛类群的mtDNA-Cytb基因及ZFY基因部分序列进行克隆及序列分析。结果表明:(1)西藏牦牛Cytb基因全长1 140 bp,共发现SNP位点13个,核苷酸多样性(Pi)为0.00315, Tajima's D值为0.41410(P>0.10),共检出7种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.709;(2)ZFY基因第11外显子长596 bp,筛查出SNP位点22个,Tajima's D值为0.78287(P>0.10),发现3种单倍型,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.001066和0.2976;(3)聚类分析及核苷酸同源性分析显示,西藏牦牛与家牦牛的核苷酸同源性最高,与美洲野牛及欧洲野牛的核苷酸同源性次之,与水牛及非洲水牛的核苷酸同源性最低。研究结果表明,西藏牦牛遗传多样性较丰富,进一步支持将西藏牦牛及家牦牛划为牛亚科中独立牦牛属的观点,及牦牛的原始祖先来自于亚欧大陆东北部的观点。
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西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究
《西南民族大学学报(自然科学版) 》 2019
摘要：为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.
关键词： 藏黄牛 线粒体DNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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毛序棘豆内生真菌分离鉴定及系统进化分析
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为探明毛序棘豆中内生真菌的种属及种群分布情况,对采集于甘肃省通渭县毛序棘豆样品,运用表面消毒法消毒样品后进行内生真菌分离,采用形态学和ITS序列分析技术对所得菌株进行种属鉴定,并通过MEGA5.05软件进行系统进化分析。结果显示,从毛序棘豆(根、茎、叶)中共分离得到内生真菌29株,经鉴定,分属于4纲、5目、6科、10属;其中茎的分离率(39.13%)最高,根(23.91%)次之,叶(11.11%)最少;而链格孢属(Alternaria sp.)和镰刀菌属(Fusariumsp.)是毛序棘豆内生真菌的优势菌属,其相对分离频率分别为27.59%和17.24%;木霉菌属(Trichodermasp.)为毛序棘豆内分布最广泛的菌属,在根、茎、叶中均有分布;将所得菌株作系统进化分析,并根据其亲缘关系远近分为Ⅰ和Ⅱ两大种群。本试验结果表明,毛序棘豆内生真菌数量、种类与种属分布存在明显组织差异,茎是内生真菌侵染和定植的主要部位且真菌多样性最高。
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基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P<0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P<0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。
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牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用
《园艺学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。
西藏牦牛线粒体DNA的遗传多样性及系统进化分析
《兽类学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛类群的遗传多样性、亲缘关系,本研究测定了日多牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、错那牦牛、隆子牦牛、仲巴牦牛、聂荣牦牛、申札牦牛等8个西藏牦牛类群共328头牦牛mt DNA D-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:本次测定的西藏牦牛mt DNA D-loop区序列长度为887-895 bp,共检测到135个变异位点,其中单态突变位点52个,简约信息位点83个。在328个个体中共检测出91种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(π)分别为0.884、0.010 27,显示西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。8个类群间平均遗传距离为0.011;日多牦牛与错那牦牛间遗传距离最小(0.006);类乌齐牦牛与隆子牦牛间遗传距离最大(0.015)。系统进化分析显示西藏牦牛可分为两大类,错那牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。
关键词： 西藏牦牛 mt DNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析
《家畜生态学报 》 2014 北大核心
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。
关键词： 西藏牦牛 mtDNA ND6基因 遗传多样性 系统进化
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