科研产出
墨脱新光唇鱼线粒体全基因组测序与系统发育分析
《基因组学与应用生物学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：墨脱新光唇鱼（Neolissochilus hexagonolepis）属于雅鲁藏布江下游特有土著鱼类，具备良好的产业化开发前景。本研究测定了墨脱新光唇鱼的线粒体基因组全序列，并对其进行系统发育分析。结果表明：墨脱新光唇鱼线粒体基因组的大小为16 562 bp,包含13个蛋白编码基因（protein-coding genes, PCGs）、 22个转运RNA （transfer RNAs, tRNAs）基因、 2个核糖体RNA（ribosomal RNAs, rRNAs）基因和1个控制区（displacement-loopregion, D-loop）;碱基组成表现出明显的AT偏好性；13个PCGs仅nad6基因位于L链上，含量最高的氨基酸是亮氨酸（16.58%）;除tRNASer（GCT）缺少DHU臂以外，其他21个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构；D-loop区识别出3个结构域：终止序列区（termination associated sequence, TAS）、中央保守区（central conserved domain, CD）和保守序列区（conserved sequence block, CSB）;基于线粒体全基因组序列和线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基（cytochrome c oxidase subunit 1,cox1）基因序列构建系统发育树，验证了墨脱新光唇鱼的系统发育地位及其分类符合新光唇鱼属（Neolissochilus）的特征。研究结果发现，雅鲁藏布江下游的墨脱新光唇鱼与印度的墨脱新光唇鱼遗传距离大于2.00%,分子水平差异较大，对两个种群是否为同一物种提出疑问。该研究为雅鲁藏布江下游流域墨脱新光唇鱼的分类鉴定、系统进化及资源保护等提供了参考依据。
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一株野生肉色隔孢伏革菌的分子鉴定、生物学特性及驯化
《中国农学通报 》 2025 CSCD
摘要：本研究旨在开发利用西藏野生蕈食用菌资源,通过对采集自波密县扎木镇编号为X21108的菌株进行分离鉴定,采用ITS序列分析并运用最大似然法构建系统发育树,确定该菌株为肉色隔孢伏革菌(Peniophora incarnata).以菌丝生长速度作为指标,对菌株最适碳源、氮源、pH和温度4个方面进行探究,以研究该菌株的生物学特性.结果表明,在生物学特性方面,X21108菌株菌丝体最适碳源为蔗糖,该碳源条件下菌丝生长速度达到6.93±0.38 mm/d;以硝酸铵为氮源时,肉色隔孢伏革菌菌丝生长速度最快,达到7.35±0.22 mm/d;最佳pH和温度分别5.0和25℃,菌丝生长速度分别为6.05±0.42 mm/d和8.22±0.54 mm/d.生物学特性研究表明肉色隔孢伏革菌X21108是生长环境偏酸性的中温型菌株.在驯化方面,在组成为粗木屑40%、细木屑20%、棉籽壳20%、麦麸18%、石灰1%、蔗糖1%的培养料上栽培,培养10d形成原基,50 d可出菇,获得肉色隔孢伏革菌子实体.综上所述,本研究对西藏野生蕈菌资源进行分子鉴定、生物学特性研究和驯化栽培,对野生食用菌资源的开发利用具有重要的现实意义.
关键词： 西藏野生蕈菌 肉色隔孢伏革菌 ITS序列分析 分子鉴定 系统发育树 生物学特性 驯化栽培
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雅鲁藏布江下游鮡科鱼类分类整理及三新种和中国一新记录种
《水生生物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：基于形态学和分子系统学方法,对1974、2019—2023年间采自雅鲁藏布江下游（我国实际控制区内,下同）的403尾鮡科鱼类标本进行分类整理。标本检视结果及结合历史记录表明,雅鲁藏布江下游共分布有鮡科鱼类6属10种,即黑斑原鮡Glyptosternon maculatum （Regan 1905）、穴形纹胸鮡Glyptothorax cavia （Hamilton1822）、墨脱纹胸鮡G. medogensis Chen＆He sp. nov.、疑似细体纹胸鮡G. cf. gracilis （Günther 1864）、稀有纹胸鮡G. rara Chen＆He sp. nov.、西仁褶鮡Pseudecheneis sirenica Vishwanath＆Darshan 2007、扁头异鮡Creteuchiloglanis kamengensis （Jayaram 1966）、细尾鰋Exostoma tenuicaudatum Tamang, Sinha＆Gurumayun2015、西藏鰋E. tibetanum Gong, Lin, Liu＆Liu 2018和无斑平唇鮡Parachiloglanis immaculata Chen＆He sp.nov.。新种墨脱纹胸鮡是安氏纹胸鮡G. annandalei Hora 1923种名的修订,其偶鳍具羽状皮褶,项背骨前突与上枕骨棘相离,腹鳍起点位于背鳍基后缘垂直下方之后,腹鳍末端远离臀鳍起点,更细的尾柄,以及更长的头长等联合特征区别于同属其他物种。新种稀有纹胸鮡其偶鳍腹面光滑,无羽状皮褶;胸部吸着器心形,皮纹向前延伸至咽部,附着器后缘中部微陷、开放,皮纹不明显;臀鳍不分枝鳍条11根;项背骨前突与上枕骨棘间隔距离远;上颌须延伸超过胸鳍基末端,达胸鳍长的1/2处,其长为头长的134.2%等特征区别于同属其他种。新种无斑平唇鮡是霍氏平唇鮡P. hodgarti （Hora 1923）种名修订，其上颌齿带两侧向后延伸,内侧内凹,呈弯月形,横向宽约为纵向深的2倍;下颌齿带前缘和后缘中部微凹,左右两块紧靠,无明显间隔;鳃孔下角限于胸鳍基前1/3处;脂鳍末端游离,与尾鳍起点有一缺刻;胸鳍分枝鳍条16—17根;尾鳍末端明显内凹;侧线明显,侧线孔周围具白色稀疏圆点,体表和各鳍无明显的斑纹等特征有别于同属其他物种。穴形纹胸鮡为我国新记录种。西仁褶鮡为黄斑褶鮡P. sulcata （McClelland 1842）种名的修订。文章对10种鮡科鱼类的主要鉴别特征进行了描述,并编制了属种分类检索表。
关键词： 西藏 喜马拉雅地区 鮡科 种名修订 鉴别特征 新种 系统发育
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燕麦sHSP基因家族的鉴定及其响应高温及老化的表达分析
《草业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：小热激蛋白（sHSPs）是植物体中普遍存在的由核基因编码的一类蛋白，具有保守的ACD结构域，能够在高温、干旱以及老化等胁迫刺激中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法在燕麦基因组中鉴定得到24个HSP20(AsHSP20.1～AsHSP20.24)基因，并对AsHSP20家族成员的理化性质、蛋白结构、亚细胞定位、系统进化、保守基序和保守结构域、基因染色体位置以及响应高温及老化基因的表达等进行系统分析。研究发现AsHSP20基因分布在17条染色体上。编码氨基酸数目136～529 aa，分子量大小14.9～58.1 kDa，理论等电点5.30～8.79。HSP20成员多定位在核、胞质和叶绿体上，部分定位在质膜、线粒体、过氧化物酶体以及胞外。蛋白质二级结构和三级结构分析表明AsHSP20成员确定有β-折叠结构。根据保守基序组成与系统发育关系分析，AsHSP20基因家族被分为11个亚组，同一亚组成员之间具有相似或相同的保守基序，表明这些蛋白之间具有功能的相似性。进一步分析自然老化和人工老化处理下AsHSP20基因的表达情况，结果表明AsHSP20.20、AsHSP20.24基因在自然老化处理与人工老化处理下共同下调表达，推测AsHSP20.20和AsHSP20.24在两种老化方法下共同参与调控燕麦种子活力降低的过程，可作为燕麦种子寿命及抗老化种质育种研究的候选基因。研究为AsHSP20基因家族在燕麦种质老化过程中的调控机制提供了有价值的信息，也为进一步探究燕麦HSP20基因的功能及种子抗衰老分子机制提供了理论支撑。
关键词： 燕麦 种子老化 HSP20基因家族 系统进化 表达分析
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斯布牦牛线粒体D_Loop区域遗传多样性研究
《中国饲料 》 2024 北大核心
摘要：作为我国西藏重要的牦牛国家遗传资源代表性品种,斯布牦牛对藏区畜牧业经济发展具有不可替代价值.本研究旨在利用线粒体D_Loop区域遗传变异评估不同被毛颜色的斯布牦牛类群遗传多样性.结果显示:在全部152个个体内的768 bp长度的D_Loop区域中,共发现57个多态位点,构建获得51个D_Loop单倍型,单倍型多样性(Hd)分布为0.893(黑色)~0.944(棕色),全部单倍型归属于两大系统发育分支,有12个D_Loop单倍型为两群体间共享单倍型.两群体Tajima'D和Fu's D参数均为不显著(P>0.05)且群体间遗传分歧不显著(FST=0.00409,P>0.05).总体而言,斯布牦牛群体母系遗传多样性丰富,种群近期历史上未出现群体扩张,不同被毛颜色斯布牦牛遗传背景无显著差异.该研究对进一步明确斯布牦牛种群关系及群体遗传多样性保护提供数据支撑.
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斯布牦牛线粒体D＿Loop区域遗传多样性研究
《中国饲料 》 2024 北大核心
摘要：作为我国西藏重要的牦牛国家遗传资源代表性品种，斯布牦牛对藏区畜牧业经济发展具有不可替代价值。本研究旨在利用线粒体D＿Loop区域遗传变异评估不同被毛颜色的斯布牦牛类群遗传多样性。结果显示：在全部152个个体内的768 bp长度的D＿Loop区域中，共发现57个多态位点，构建获得51个D＿Loop单倍型，单倍型多样性（Hd）分布为0.893（黑色）～0.944（棕色），全部单倍型归属于两大系统发育分支，有12个D＿Loop单倍型为两群体间共享单倍型。两群体Tajima'D和Fu's D参数均为不显著（P>0.05）且群体间遗传分歧不显著（F_(ST)=0.00409,P>0.05）。总体而言，斯布牦牛群体母系遗传多样性丰富，种群近期历史上未出现群体扩张，不同被毛颜色斯布牦牛遗传背景无显著差异。该研究对进一步明确斯布牦牛种群关系及群体遗传多样性保护提供数据支撑。
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西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析
《华北农学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过mtDNA ND1 探究6 个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据.利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛 6 个群体共 95 头个体ND1 基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2 等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树.结果表明,西藏牦牛群体ND1 基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78 个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670 和0.004 21,Tajima's D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱.此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16 种单倍型可分为2 个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在2 个母系起源;与其他牛种进行聚类分析,发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源.西藏牦牛遗传多样性十分丰富,其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富,6 个牦牛群体存在2 个母系起源.
关键词： 西藏牦牛 ND1基因 遗传多样性 系统进化 遗传分化
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基于mtDNA COX3基因对西藏特色牦牛群体遗传结构的分析
《草业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为探究西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系，本研究利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、类乌齐牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、桑日牦牛、江达牦牛7个群体共140头个体的mtDNA COX3基因蛋白质编码区（CDS）序列，利用DNAMAN、DNASP 5.1、MEGA 7.0软件分析了其序列多态性、单倍体多样性，并构建了系统发育树。结果表明，西藏牦牛群体的COX3基因CDS序列长度均为781 bp，共检测获得55个变异位点。在140头个体中共检测出11种单倍型，平均单倍型多样性（Hd）及核苷酸多样性（Pi）分别为0.665和0.00480，说明西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。西藏7个牦牛群体可分为2大类，类乌齐牦牛单独聚为一类，其余牦牛群体为一类。此外，11种单倍型可分为2个聚类簇，说明西藏牦牛可能存在两个母系起源。西藏7个牦牛群体可划分到家牦牛、原牛和普通牛三大单倍型群体中，其中Hap＿2、Hap＿3、Hap＿4、Hap＿6、Hap＿7、Hap＿8、Hap＿10、Hap＿11这8个单倍型属于家牦牛支系，Hap＿5和Hap＿9属于原牛和普通牛支系，Hap＿1属于野牦牛支系，说明家牦牛、原牛和普通牛是西藏牦牛的混合母系起源，但受家牦牛影响较大。研究结果旨在为西藏牦牛的演化、遗传多样性以及遗传资源保护和利用提供理论依据。
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茶六斑褐锦斑蛾Sorita pulchella线粒体基因组特征与系统发育分析
《河南农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解茶六斑褐锦斑蛾（Sorita pulchella）线粒体基因组特征，探究其分类地位，并分析蛾类高级分类阶元的系统发育关系。【方法】野外采集西藏自治区林芝市易贡茶场发生的茶六斑褐锦斑蛾。采用高通量测序的方法获得线粒体基因组序列并分析其基因组结构特征；用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树，探讨鳞翅目斑蛾科昆虫系统发育关系。【结果】茶六斑褐锦斑蛾（GenBank登录号：MZ157403）线粒体基因组序列的总长度为15 216 bp,编码37个基因，即13个蛋白质编码的基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因（rrnL和rrnS）和1个A+T富含区。其基因组成与其它已知的鳞翅目昆虫一致。蛋白质编码基因的A+T的含量为77.7%,长度为10 830 bp。tRNA中的A+T的含量则为80.9%。22个tRNA的二级结构仅trnS1缺少二氢尿嘧啶环，其它tRNA的二级结构都为典型的三叶草型。20个种进行了系统发育分析，包括两个外群。贝叶斯系统发育树显示斑蛾科内的系统发生关系为：（Zeuzera multistrigata+Endoxyla cinereus）+（（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens））））+（（Phauda flammans+Zygaenafilipendulae+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+Eterusia aedea+（Histia rhodope+Sorita pulchella）））））））。最大似然树的结果为：（Endoxyla cinereus+Zeuzera multistrigata+（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens）））+（Zygaena filipendulae+（Phauda flammans+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+（Histia rhodope+（Eterusia aedea+Sorita pulchella）））））））））。【结论】斑蛾科和刺蛾科皆为单系群。贝叶斯系统发育结果表示，六星斑蛾和朱红毛斑蛾分化较早，梨星毛虫与榆斑蛾互为姐妹群，玉带斑蛾单独成为一支，釉锦斑蛾和黑心赤眉锦斑蛾互为姐妹群，茶六斑褐锦斑蛾与重阳木褐锦斑蛾互为姐妹群，它们组成的一支再与茶柄脉锦斑蛾互为姐妹群。
关键词： 茶六斑褐锦斑蛾 线粒体基因组 高通量测序 系统发育关系
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