科研产出
毛序棘豆内生真菌分离鉴定及系统进化分析
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：为探明毛序棘豆中内生真菌的种属及种群分布情况,对采集于甘肃省通渭县毛序棘豆样品,运用表面消毒法消毒样品后进行内生真菌分离,采用形态学和ITS序列分析技术对所得菌株进行种属鉴定,并通过MEGA5.05软件进行系统进化分析。结果显示,从毛序棘豆(根、茎、叶)中共分离得到内生真菌29株,经鉴定,分属于4纲、5目、6科、10属;其中茎的分离率(39.13%)最高,根(23.91%)次之,叶(11.11%)最少;而链格孢属(Alternaria sp.)和镰刀菌属(Fusariumsp.)是毛序棘豆内生真菌的优势菌属,其相对分离频率分别为27.59%和17.24%;木霉菌属(Trichodermasp.)为毛序棘豆内分布最广泛的菌属,在根、茎、叶中均有分布;将所得菌株作系统进化分析,并根据其亲缘关系远近分为Ⅰ和Ⅱ两大种群。本试验结果表明,毛序棘豆内生真菌数量、种类与种属分布存在明显组织差异,茎是内生真菌侵染和定植的主要部位且真菌多样性最高。
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基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源
《畜牧兽医学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P<0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P<0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。
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西藏牦牛线粒体DNA的遗传多样性及系统进化分析
《兽类学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛类群的遗传多样性、亲缘关系,本研究测定了日多牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、错那牦牛、隆子牦牛、仲巴牦牛、聂荣牦牛、申札牦牛等8个西藏牦牛类群共328头牦牛mt DNA D-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:本次测定的西藏牦牛mt DNA D-loop区序列长度为887-895 bp,共检测到135个变异位点,其中单态突变位点52个,简约信息位点83个。在328个个体中共检测出91种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(π)分别为0.884、0.010 27,显示西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。8个类群间平均遗传距离为0.011;日多牦牛与错那牦牛间遗传距离最小(0.006);类乌齐牦牛与隆子牦牛间遗传距离最大(0.015)。系统进化分析显示西藏牦牛可分为两大类,错那牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。
关键词： 西藏牦牛 mt DNA D-loop区 遗传多样性 系统进化
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西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析
《家畜生态学报 》 2014 北大核心
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。
关键词： 西藏牦牛 mtDNA ND6基因 遗传多样性 系统进化
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西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析
《畜牧兽医学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树。结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1 140bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系。
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