科研产出
甘蓝BoNHX基因家族生物信息学分析与鉴定
《西藏农业科技 》 2025
摘要：为鉴定并分析甘蓝NHX 基因家族成员的生物信息,利用氨基酸特定序列比对和隐马尔可夫模型的蛋白结构域,在甘蓝全基因组中筛选并鉴定出NHX 基因家族成员 11 个,命名为BoNHX1~BoNHX11;利用 TBtools、MEGA11、Plant-CARE、MEME等软件和网站进一步分析 11 个甘蓝NHX 基因家族成员的理化性质.结果表明:11 个家族成员编码氨基酸127~1 166 个,分子量为 14 174.59~128 874.77 Da,等电点在 5.16~9.33.在拟南芥与甘蓝NHX 家族成员构建的系统进化树中,所有基因家族成员被分为 A/B/C3 个亚家族,每个亚家族成员在 3~12 个不等.对家族成员进行顺式作用元件预测,主要集中在光反应、激素响应、低温应答等过程.在拟南芥与甘蓝物种间共线性分析中,两者之间存在 12 对共线性关系;在甘蓝物种内共线性分析中,有 6 对共线性关系.在甘蓝基因组中共鉴定出NHX 基因家族成员 11 个,进一步分析表明,NHX 基因家族成员可能在胁迫应答、光反应以及激素响应等过程中发挥重要作用.
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羊传染性脓疱病毒口唇和内脏感染株趋化因子结合蛋白基因差异分析及原核表达
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆羊传染性脓疱病毒(ORFV)口唇和内脏感染株趋化因子结合蛋白(CBP)基因并进行生物信息学分析及原核表达，为后续研究CBP基因在ORFV免疫逃逸机制中的作用提供基础数据。【方法】以患病羔羊口唇结痂和小肠提取的DNA为模板设计特异性引物，进行PCR扩增并克隆测序，对表达的CBP基因遗传进化关系及蛋白理化性质、结构特点进行分析；利用原核表达系统pGEX-4T-1构建重组质粒pGEX-4T-1-CBP-K、pGEX-4T-1-CBP-N并转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞，利用SDS-PAGE检测蛋白的表达，并通过Western blotting对蛋白进行抗原性分析。【结果】经测序，ORFV口唇感染株CBP基因全长873 bp,内脏感染株CBP基因全长846 bp,且后者在第217 bp处有24 bp碱基的丢失。系统进化树显示，口唇与内脏感染株不属于同一进化分支，遗传距离较远；口唇感染株CBP基因与中国吉林分离株亲缘关系最近；内脏感染株CBP基因与马来西亚分离株亲缘关系最近。口唇感染株CBP基因编码291个氨基酸，内脏感染株CBP基因编码282个氨基酸，蛋白二级结构均主要由α-螺旋和无规则卷曲构成，三级结构有5处差异，主要是α-螺旋和β-折叠的变化。试验成功构建了原核表达质粒pGEX-4T-1-CBP-K和pGEX-4T-1-CBP-N,其在大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞中以包涵体形式表达CBP融合蛋白，分子质量约为60 ku。【结论】本研究内脏感染株与口唇感染株相比，存在24 bp的缺失，并成功构建原核表达质粒pGEX-4T-1-CBP-K和pGEX-4T-1-CBP-N,可在大肠杆菌中表达CBP融合蛋白。本研究结果为揭示CBP在ORFV与宿主互作中发挥的作用提供参考，也可为寻找新的羊传染性脓疱防治方法提供依据。
关键词： 羊传染性脓疱病毒(ORFV) 趋化因子结合蛋白(CBP) 生物信息学 原核表达
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牦牛PID1基因克隆、生物信息学及组织表达分析
《华北农学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究牦牛磷酸酪氨酸互作结构域1基因(PID1)的结构及功能，并探究其在各组织中的表达情况，以桑桑牦牛脂肪组织cDNA为模板克隆桑桑牦牛PID1基因CDS区序列，并对其进行生物信息学分析。同时，采用实时荧光定量PCR方法(RT-qPCR),对牦牛的7个不同组织包括心、肝、脾、肺、肾、背部肌肉及脂肪进行PID1基因表达水平的定量。结果表明，牦牛PID1基因的编码区长度是654 bp,编码217个氨基酸；通过同源性比对，结果发现，牦牛与野牦牛之间的亲缘关系最为接近，相似度达到100%;经过蛋白质分析发现，牦牛PID1蛋白的分子质量约为24.84 ku,理论等电点为6.30。根据不稳定系数计算结果显示，其不稳定性较高(47.96),属于一种不稳定蛋白质。该蛋白内含有1个N-糖基化位点和23个磷酸化位点，无信号肽和跨膜结构。RT-qPCR试验结果表明，在各个组织中都能检测到PID1基因的表达情况，其中在肺部表达量最高。该研究克隆了牦牛PID1基因，并对其蛋白结构进行了分析，同时还研究了该基因在牦牛组织中的表达情况。为进一步探究PID1基因在牦牛脂肪沉积过程中的作用提供了初步数据。
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疥螨Sar s14.3过敏原蛋白原核表达及间接ELISA方法的建立
《中国人兽共患病学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：目的 预测疥螨猪变种转录组中过敏原蛋白，对Sar s 14.3过敏原蛋白进行生物特性分析、原核表达并建立间接ELISA诊断方法。方法 利用转录组测序（RNA-Seq）及BLAST、ProtParam、I-TASSER和COMPARE等软件和数据库对疥螨猪变种转录组中的过敏原组分进行预测并对疥螨Sar s 14.3过敏原蛋白序列进行理化性质分析、结构分析、同源性分析和间接ELISA诊断方法的建立。结果 在疥螨猪变种的18 980个转录本中共预测出390条过敏原序列，且随机匹配可能性值（E-value）为0的序列有28条。Sar s 14.3过敏原蛋白的理论相对分子质量为38 kDa,蛋白较稳定，为亲水性蛋白；二级结构以无规卷曲和β-折叠为主，其氨基酸序列与疥螨其他变种主要过敏原组分14蛋白序列相似性不低于99.76%,而与尘螨属螨虫的相似性最高为73.08%,与现行的形态学分类系统一致。所建立的间接ELISA诊断方法的最佳包被抗原浓度为2μg/mL,血清最佳稀释倍数是1∶400。结论 本试验成功预测了疥螨猪变种转录组中的过敏原序列并克隆、表达了疥螨猪变种Sar s 14.3蛋白，初步预测了其分子特征，并以该过敏原蛋白为基础成功建立了一种快速的间接ELISA检测方法，可用于疥螨病的初步诊断和流行病学调查。
关键词： 疥螨猪变种 转录组 生物信息学 Sar s 14.3过敏原 ELISA
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黑斑原鮡皮肤组织结构及其COL1A1基因的克隆与分析
《高原科学研究 》 2021 CSCD
摘要：采用组织学与分子生物学方法开展了黑斑原鮡皮肤组织结构和Ⅰ型胶原蛋白基因的表达特征研究。结果表明:(1)黑斑原鮡的皮肤裸露无鳞,均由表皮和真皮组成。黑斑原鮡表皮层由复层上皮细胞和黏液细胞以及基底细胞组成。其表皮层的厚度显著大于真皮层厚度,且不同部位表皮层的厚度各不同,但各部位真皮层的厚度接近。其中,腹部表皮层的厚度最厚,为(102.36±3.43)μm;头部最薄,为(66.91±9.73)μm。(2)黑斑原鮡头部、背部色素细胞含量丰富,腹部色素细胞含量较少。(3)黑斑原鮡Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的c DNA全长序列为6 683 bp,其开放阅读框为4 350 bp,编码1 449个氨基酸。(4)BLAST同源性分析结果显示,黑斑原鮡COL1A1基因的氨基酸序列与巨魾的同源性最高,为92.06%,呈现出较高的保守性。(5)系统进化树分析表明,该基因与巨魾处于同一支,亲缘性最近。(6)生物信息学分析显示,黑斑原鮡COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.14 KDa,理论等电点是5.42,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白,含有1个COLFI结构域、1个VWC结构域、1个RPT1结构域、2个RPT3结构域和8个Pfam Collagen结构域。
关键词： 黑斑原鮡 皮肤 组织结构 COL1A1基因 生物信息学
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牦牛SMPX基因CDS区克隆及组织表达分析
《中国畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：本研究旨在克隆牦牛X染色体相关小肌肉蛋白(small muscle protein X-link,SMPX)基因的CDS区序列,分析该序列所编码蛋白的结构与功能,并检测SMPX基因在牦牛不同组织中的表达情况。运用RT-PCR技术扩增并克隆SMPX基因CDS区序列,分析其氨基酸序列相似性并构建系统进化树;通过在线软件对其理化性质、二级结构和三级结构进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR方法检测SMPX基因在牦牛右心室、臀大肌、肺脏和大脑4个组织中的表达情况。结果表明,牦牛SMPX基因CDS区全长515 bp,开放阅读框(ORF)长261 bp,编码86个氨基酸。牦牛SMPX氨基酸序列与野牦牛、水牛、家犬、人、白尾鹿德克萨斯亚种、绵羊、黑猩猩、藏羚羊、野猪的相似性分别为100%、97.7%、96.5%、96.5%、95.3%、95.3%、96.5%、94.2%和91.9%,说明其在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学分析发现,SMPX蛋白是一种不稳定的亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,为膜内蛋白,无信号肽和跨膜蛋白;SMPX氨基酸序列共有4个磷酸化位点。亚细胞定位结果表明,SMPX蛋白的分布于细胞核(52.2%)、线粒体(43.5%)和细胞质(4.3%)。实时荧光定量PCR检测结果显示,SMPX基因在牦牛右心室中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。本试验结果为深入研究SMPX基因在牦牛中的生理功能和调控机制提供了参考数据。
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芸薹属AC基因组MTP1基因的生物信息学分析
《广东农业科学 》 2018
摘要：以拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtMTP1基因序列为参考,利用白菜(Brassica rapa)、甘蓝(Brassica oleracea)、甘蓝型油菜(Brassica napus)全基因组数据对MTP1基因进行全基因组水平鉴定,通过Blastn比对和保守结构域分析,在芸薹属AC基因组中共鉴定到8个MTP1基因,其中白菜1个、甘蓝3个、甘蓝型油菜4个(A亚基因组3个、C亚基因组1个)。生物信息学分析结果表明,在蛋白质理化性质、二级结构、跨膜结构域、磷酸化位点等方面,3个物种中的MTP1基因间各有差异,并使用甘蓝型油菜转录组数据比较分析4个BnMTP1基因在不同组织部位的表达模式。
关键词： 甘蓝型油菜 MTP1基因 重金属耐受蛋白 锌 CDF家族 生物信息学
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西藏一种芥菜型油菜PGIP基因的克隆与序列分析
《植物保护 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：防治油菜菌核病的有效方法是培育抗菌核病的油菜品种。多聚半乳糖醛酸酶阻遏蛋白(polygalacturonase inhibiting protein,PGIP),是植物体内一种重要的抗真菌蛋白。本研究根据NCBI中发表的PGIP基因序列设计引物,从芥菜型油菜‘藏油6号’中克隆得到全长1 048bp的PGIP基因序列。其核酸序列与NCBI数据库中登录的PGIP基因序列同源性为99%。该序列翻译后得到的氨基酸序列与NCBI上公布的油菜PGIP序列同源性为99%。该蛋白质序列中包含8个亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)。过去研究结果显示芥菜型油菜比甘蓝型、白菜型油菜对菌核病的抗性普遍较高,但是未能搞清楚具体的原因,只是提出抗菌核病基因主要分布在芥菜型油菜中,其次是甘蓝型油菜中。通过研究证实了芥菜型油菜上PGIP基因具有保守性、疏水性,而且结构稳定,具有多个信号肽,能够高效地发挥其抗核盘菌的功能。今后在油菜育种上应利用芥菜型油菜的优势,发挥其抗病育种的潜力。
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