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芸薹属AC基因组MTP1基因的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李施蒙 1 ;

作者机构： 1.西藏自治区农牧科学院农业研究所

关键词： 甘蓝型油菜;MTP1基因;重金属耐受蛋白;锌;CDF家族;生物信息学

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2018 年 09 期

页码： 21-27

摘要： 以拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtMTP1基因序列为参考,利用白菜(Brassica rapa)、甘蓝(Brassica oleracea)、甘蓝型油菜(Brassica napus)全基因组数据对MTP1基因进行全基因组水平鉴定,通过Blastn比对和保守结构域分析,在芸薹属AC基因组中共鉴定到8个MTP1基因,其中白菜1个、甘蓝3个、甘蓝型油菜4个(A亚基因组3个、C亚基因组1个)。生物信息学分析结果表明,在蛋白质理化性质、二级结构、跨膜结构域、磷酸化位点等方面,3个物种中的MTP1基因间各有差异,并使用甘蓝型油菜转录组数据比较分析4个BnMTP1基因在不同组织部位的表达模式。

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