科研产出
西藏牦牛微卫星DNA的遗传多样性
《遗传 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：为了解西藏牦牛品种或类群的遗传多样性和亲缘关系,文章选用8对微卫星标记引物,利用PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率(P)、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和遗传距离(D),对西藏11个牦牛类群共480个个体进行了遗传多样性和系统进化分析。结果表明:(1)8个微卫星标记在西藏牦牛类群中均表现出多态性,且均属高度多态位点,遗传多样性丰富;(2)8个微卫星标记的平均多态信息含量在西藏牦牛类群中均高于0.5,其中HEL13最高为0.8496,TGLA57最低为0.7349;在11个牦牛类群中,桑日牦牛的平均多态信息含量最高(0.7949),该群体内部存在较多的遗传变异;丁青牦牛最低(0.7505),则群体相对较纯;(3)在11个牦牛类群中,其杂合度大小分别为:桑日(0.8193)>江达(0.8190)>桑桑(0.8157)>巴青(0.8150)>康布(0.8123)>嘉黎(0.8087)>工布江达(0.8054)>斯布(0.8041)>类乌齐(0.8033)>帕里(0.8031)>丁青(0.7831),西藏东部牦牛的遗传多样性较西部的遗传多样性大,预示西藏东部可能是牦牛的发源地之一;(4)根据遗传距离,用UPGMA法构建聚类关系,表明西藏11个牦牛类群可以分为三大类,即嘉黎牦牛、帕里牦牛、桑桑牦牛、巴青牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛聚为一类,斯布牦牛、工布江达牦牛、桑日额牛、江达牦牛聚为一类,丁青牦牛单独成为一类。综上所述,西藏牦牛的遗传多样性较丰富,所选微卫星标记可用于西藏牦牛遗传多样性的评估。
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西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析
《畜牧兽医学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树。结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1 140bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系。
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西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化
《生态学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。
关键词： 西藏牦牛 mtDNA D-loop区 遗传多样性
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西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei's遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei's遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。
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西藏牦牛mtDNA COⅢ全序列测定及系统进化关系
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378—0.844。表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性。③在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%。碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%。④从mtDNA COⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系。【结论】西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点。
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西藏牦牛mtDNA COⅢ序列测定及系统进化关系
《中国农业科学 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据.[方法]对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类.[结果]①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基.4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性.②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378-0.844.表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性.⑦在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%.碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%.④从mtDNACOⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系,[结论]西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点.
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