科研产出
西藏特色牦牛mtDNA ND1遗传多样性及系统进化分析
《华北农学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：旨在通过mtDNA ND1 探究6 个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据.利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛 6 个群体共 95 头个体ND1 基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2 等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树.结果表明,西藏牦牛群体ND1 基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78 个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670 和0.004 21,Tajima's D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱.此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16 种单倍型可分为2 个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在2 个母系起源;与其他牛种进行聚类分析,发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源.西藏牦牛遗传多样性十分丰富,其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富,6 个牦牛群体存在2 个母系起源.
关键词： 西藏牦牛 ND1基因 遗传多样性 系统进化 遗传分化
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西藏自治区马铃薯地方品种遗传多样性分析
《中国马铃薯 》 2020
摘要：为了探讨西藏自治区马铃薯地方品种的遗传多样性水平和遗传差异,利用基因测序分型(Genotyping-by-sequencing,GBS)技术对24个马铃薯地方品种和1个主栽品种进行遗传多样性分析.25个马铃薯品种观测杂合度(Ho)为0.24,期望杂合度(He)为0.19,有效等位基因数(Ne)为1.29,多态性信息含量(PIC)为0.16,核苷酸多态性(PI)为0.19,显示马铃薯的遗传多样性水平较低.遗传分化系数、遗传距离、群体进化树和主成分分析显示所有参试品种分为3个类群,遗传分化水平整体较高,但部分品种间的遗传分化系数较低.
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六个半细毛羊品种遗传关系的研究
《中国草食动物科学 》 2013
摘要：应用微卫星技术对云南半细毛羊、凉山半细毛羊、贵州半细毛羊、彭波半细毛羊、罗姆尼羊和考力代羊基因组DNA进行了17个微卫星位点多态性分析,以期为半细毛羊品种的遗传关系做出评价,同时为这些品种的合理开发利用提供理论依据。研究结果表明:6个研究群体PIC值均大于0.5,表明遗传多样性都极为丰富;遗传分化关系的研究表明,6个群体Nm值均在1以上,Fst值均在0.6以下,说明群体间可能存在一定的基因迁移或者有较近的亲缘关系,其中贵州半细毛羊和考力代羊间存在最大的基因流(Nm=12.065)、最小的变异系数(Fst=0.020 3)、最高的遗传一致度(0.862)及最小的遗传距离(0.148),显示出两个群体较近的亲缘关系;UPGMA聚类图显示6个群体聚为两个大支,贵州半细毛羊、考力代羊、彭波半细毛羊聚为一支,云南半细毛羊、罗姆尼羊及凉山半细毛羊聚为另一支。
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西藏牦牛SRAP遗传多样性及分类进化研究
《生物技术通报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：用4对SRAP分子标记引物对西藏11个牦牛类群和四川麦洼牦牛的DNA进行扩增,研究其遗传多样性和分类关系。结果表明,在335头牦牛中,共得到29个基因位点,其中有19个多态位点,多态率占65.52%。12个牦牛群体间的Nei's遗传多样性和Shannon多样性指数分别为0.048 2和0.073 4,遗传相似系数在0.781 1-0.989 1。巴青牦牛和康布牦牛的遗传多样性指数较其他类群高,分别为0.095 5和0.090 0;桑日牦牛类群的遗传多样性指数最低,仅为0.008 5。这些结果表明,12个牦牛类群的SRAP遗传多样性较低。根据Nei's遗传距离,利用UPGMAM构建聚类关系图结果显示,嘉黎牦牛、帕里牦牛、类乌齐牦牛、桑桑牦牛、康布牦牛、巴青牦牛、丁青牦牛、斯布牦牛和麦洼牦牛聚为一大类,然后依次才与桑日牦牛、工布江达牦牛和江达牦牛相聚在一起,显示在SRAP分子遗传标记所反映的牦牛基因组的遗传结构中,江达牦牛、工布江达牦牛和桑日牦牛与其他牦牛群体间的亲缘关系较远,牦牛的这种亲缘关系与其地理分布也不一致,说明这12个牦牛的起源、演化关系较复杂,有待于进一步研究分析。
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大花黄牡丹遗传多样性的SRAP分析
《林业科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：应用SRAP标记对西藏特有植物大花黄牡丹的遗传多样性进行研究。用16对引物从5个自然居群79个单株中共检测到396个有效位点,其中多态性位点357个。在物种水平上,多态位点百分率(Ppl)为90.15%,Shannon表型多样性指数(Ηsp)平均为0.2521;居群水平上的Ppl为31.82%,Shannon表型多样性指数(Ho)为0.0694～0.3428,平均值(Ηpop)为0.1307。上述遗传参数表明,大花黄牡丹具有丰富的物种遗传多样性,5个居群中自然居群C的遗传多样性最高(Ppl=82.32%,Ho=0.3428)。据AMOVA分析结果,总的变异中有41.58%的变异存在于居群间,58.42%的变异存在于居群内,居群分化较显著(ΦST=0.4158,P<0.001),由POPGENE1.32得到的居群间遗传分化系数GST(0.4309)和Shannon表型多样性指数计算的居群间遗传多样性所占比例(0.4816)也表明了类似的遗传结构。Mantel检测表明地理距离和Nei's遗传距离间相关不显著(P>0.05)。利用NTSYSPC(2.1)软件构建大花黄牡丹5个居群79个个体的UPGMA聚类图,遗传相似系数变幅在0.47～0.99,大多数居群内的个体表现出较为密切的亲缘关系(如居群B,D,E),但也有一些居群的个体未聚在一起(如居群C)。依据大花黄牡丹居群遗传变异特点,初步探讨其保护和利用策略。
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