科研产出
牦牛miR-378前体克隆及组织表达分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆牦牛miR-378的前体序列,阐明其组织表达规律,结合bta-miR-378靶基因的生物信息学预测和分析,探讨miR-378在牦牛生长发育过程中的调控功能。采用PCR方法成功克隆类乌齐牦牛miR-378前体序列,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-378-3p在各组织中的表达模式,结合生物信息学软件TargetScan、DAVID以及数据库NCBI、miRbase等对miR-378进行保守性分析、靶基因预测及其生物学功能分析。结果表明,miR-378在各物种间高度保守,且miR-378-3p在各组织中广泛表达,其中在臀大肌中表达水平最高,显著高于其他组织(P<0.01),在臀脂中的表达高于卵巢、大脑、乳腺和肝脏。获得的272个靶基因主要参与细胞分化、细胞发育、大分子代谢等多个生物学过程,涉及孕酮介导的卵母细胞成熟、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路等,由此推测,miR-378可能在卵泡发育、卵母细胞成熟过程中起关键作用,进而影响母牦牛的繁殖性能。
关键词： 牦牛 miR-378 克隆 组织表达 生物信息分析
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牦牛酪蛋白基因家族的克隆及组织表达分析
《中国畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：本研究旨在克隆牦牛酪蛋白基因家族(CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3)的CDS区序列,鉴定其在牦牛不同组织中的表达水平。选取4岁龄左右处于泌乳期的健康类乌齐母牦牛3头,屠宰后分别采集乳腺、心脏、肝脏、骨骼肌组织,分别提取组织总RNA并反转录为cDNA,设计酪蛋白基因家族特异性引物扩增酪蛋白基因家族序列,进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法分别检测酪蛋白家族基因mRNA水平。结果显示,克隆得到CSN1S1、CSN1S2、CSN2和CSN3基因cDNA序列分别为919、832、805和715bp,其CDS区全长分别为645、669、690和585bp,分别编码214、222、259和194个氨基酸残基。类乌齐牦牛酪蛋白基因家族与黄牛亲缘关系最近,其次是印度水牛,而与单胃动物猪的亲缘关系最远。组织表达结果显示,酪蛋白基因家族在组织中广泛表达,其中在乳腺组织中的表达量最高,其次是骨骼肌组织。在乳腺组织中CSN1S1、CSN1S2、CSN2基因之间表达量差异不显著(P>0.05),但CSN2基因表达量显著高于CSN3基因(P<0.05)。以上结果为酪蛋白基因家族在牦牛乳腺蛋白质代谢调控机制的研究提供了参考依据。
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类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P<0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。
关键词： 牦牛 黄牛 egl-9家族缺氧诱导因子1基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析 荧光定量PCR
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类乌齐牦牛乳酸脱氢酶基因克隆及组织表达
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆西藏类乌齐牦牛乳酸脱氢酶(LDHB)基因并检测其组织表达情况,为给进一步研究LDHB在高海拔地区的极端低氧适应性及能量代谢中的调控作用提供依据.结果表明,类乌齐牦牛LDHB基因CDS区全长1 004bp,编码334个氨基酸,存在2处碱基突变,导致密码子分别由AAG→GAG(赖氨酸→谷氨酸)、ATC→AGC(异亮氨酸→丝氨酸);编码蛋白分子质量为36.72ku,为疏水稳定性蛋白,功能预测在糖酵解及氧化还原等过程中发挥主要功能;系统进化树表明,西藏类乌齐牦牛与九龙牦牛、黄牛的氨基酸序列相似性最高,亲缘关系最近,其次为山羊、宽吻海豚、猪、马、羊驼和野生双峰骆驼,与鸡、乌鸦、非洲爪蟾和鲤鱼较远;定量分析显示,LDHB基因在牦牛肺脏中的表达水平显著高于心脏和肝脏,推测该基因与牦牛抗缺氧性状相关.
关键词： 类乌齐牦牛 LDHB基因 分子克隆 载体构建 组织表达
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类乌齐牦牛乳酸脱氢酶基因克隆及组织表达
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：旨在克隆西藏类乌齐牦牛乳酸脱氢酶(LDHB)基因并检测其组织表达情况,为给进一步研究LDHB在高海拔地区的极端低氧适应性及能量代谢中的调控作用提供依据。结果表明,类乌齐牦牛LDHB基因CDS区全长1 004bp,编码334个氨基酸,存在2处碱基突变,导致密码子分别由AAG→GAG(赖氨酸→谷氨酸)、ATC→AGC(异亮氨酸→丝氨酸);编码蛋白分子质量为36.72ku,为疏水稳定性蛋白,功能预测在糖酵解及氧化还原等过程中发挥主要功能;系统进化树表明,西藏类乌齐牦牛与九龙牦牛、黄牛的氨基酸序列相似性最高,亲缘关系最近,其次为山羊、宽吻海豚、猪、马、羊驼和野生双峰骆驼,与鸡、乌鸦、非洲爪蟾和鲤鱼较远;定量分析显示,LDHB基因在牦牛肺脏中的表达水平显著高于心脏和肝脏,推测该基因与牦牛抗缺氧性状相关。
关键词： 类乌齐牦牛 LDHB基因 分子克隆 载体构建 组织表达
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西藏一种芥菜型油菜PGIP基因的克隆与序列分析
《植物保护 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：防治油菜菌核病的有效方法是培育抗菌核病的油菜品种。多聚半乳糖醛酸酶阻遏蛋白(polygalacturonase inhibiting protein,PGIP),是植物体内一种重要的抗真菌蛋白。本研究根据NCBI中发表的PGIP基因序列设计引物,从芥菜型油菜‘藏油6号’中克隆得到全长1 048bp的PGIP基因序列。其核酸序列与NCBI数据库中登录的PGIP基因序列同源性为99%。该序列翻译后得到的氨基酸序列与NCBI上公布的油菜PGIP序列同源性为99%。该蛋白质序列中包含8个亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)。过去研究结果显示芥菜型油菜比甘蓝型、白菜型油菜对菌核病的抗性普遍较高,但是未能搞清楚具体的原因,只是提出抗菌核病基因主要分布在芥菜型油菜中,其次是甘蓝型油菜中。通过研究证实了芥菜型油菜上PGIP基因具有保守性、疏水性,而且结构稳定,具有多个信号肽,能够高效地发挥其抗核盘菌的功能。今后在油菜育种上应利用芥菜型油菜的优势,发挥其抗病育种的潜力。
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犬细小病毒VP2主要抗原表位基因的密码子优化及原核表达
《黑龙江畜牧兽医 》 2018 北大核心
摘要：为了制备大量廉价的可溶性犬细小病毒(CPV)VP2蛋白抗原,试验截选了VP2抗原表位集中的基因片段VP2-70进行密码子优化及合成,将合成基因克隆到pET-32a(+)载体中,构建原核表达载体pET-32-VP2-70,转化BL21(DE3)工程菌,IPTG诱导表达后进行Ni-NTA亲和层析纯化,Western-blot检测验证其生物学活性。结果表明:试验构建的VP2-70表达载体能够介导VP2-70融合蛋白在大肠杆菌中高效表达,表达量高出野生型VP2-70融合蛋白16 mg/L;Western-blot检测显示,该蛋白具有很好的免疫反应原性,可为CPV亚单位疫苗和免疫学诊断方法的研究提供候选抗原。
关键词： 犬细小病毒 抗原表位基因 密码子优化 克隆 原核表达 融合蛋白
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青稞两个Rubisco相关酶基因的克隆和序列分析
《高原科学研究 》 2017
摘要：文章根据鉴定得到的青稞两个Rubisco相关酶00199和31184的序列设计了引物,从青稞叶片的cDNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析。结果表明,成功扩增出00199和31184两个基因的序列,大小分别为546bp和547bp。根据生物信息学分析得出结果:00199和31184为等位基因,序列相似性为90.98%,推测两者ORF全长均为546bp;00199编码的蛋白质含有181个氨基酸,相对分子质量为20.05KD,理论等电点(pI)为8.81,不含跨膜区和信号肽,存在典型的Rubisco结构域,是青稞光合作用中固定CO_2的重要酶之一。
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青稞新光合作用相关基因的克隆和序列分析
《大麦与谷类科学 》 2017
摘要：根据鉴定得到的青稞4个光合作用相关基因的序列设计引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行测序鉴定和序列分析。结果成功扩增出4个基因的序列,大小分别为513、822、1023和579 bp。生物信息学分析表明,02833基因可能编码一个核糖-5-磷酸异构酶3;03360基因可能编码一个273个氨基酸的核酮糖-磷酸-3-异构酶,该蛋白属于ICL_KPHMT superfamily之一,推测其CDS全长为822 bp;45441基因可能编码一个340个氨基酸的苹果酸脱氢酶,该蛋白属于Ldh_1_C superfamily之一,推测其CDS全长为1 023 bp;45453基因可能编码一个果糖-1,6-二磷酸激酶。这些基因的克隆为研究青稞的光合机制奠定了基础。
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