科研产出
基于线粒体Cyt b基因和D-loop区序列的雅鲁藏布江中上游黑斑原鮡遗传多样性分析
《生物资源 》 2024
摘要：对西藏雅鲁藏布江中上游黑斑原鮡（Glyptosternum maculatum）种群遗传多样性的解析可为黑斑原鮡的保护和人工选育提供理论依据，以雅鲁藏布江中上游黑斑原鮡种群为研究对象，通过对其线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt b)和控制区（D-loop区）基因序列进行扩增和测序，分析了黑斑原鮡的线粒体序列特征与其种群遗传多样性的关联。结果显示：黑斑原鮡Cyt b基因序列长度为1 138 bp,(A+T)含量（59.5%）高于（C+G）含量（40.5%）；检测到突变位点32个，其中单突变位点26个，简约信息位点6个；共检测到21个单倍型，其中单倍型Hap 1个体数最多，占总检测个体数的69.44%；种群单倍型多样性（Hd）为（0.509±0.050），核苷酸多样性（Pi）为（0.000 71±0.000 11）,Tajima’s D中性检验值为-2.532 91，中性检验结果显示（P<0.001）极显著负值。结果还显示：D-loop区基因序列长度为893bp,(A+T)含量（64.31%）高于（C+G）含量（35.69%）；共检测到突变位点35个，包括单突变位点21个，简约信息位点14个；检测到23个单倍型，Hd为（0.701±0.028）,Pi为（0.001 67±0.000 28），单倍型Hap 1和Hap 3的个体数较多，分别占45.14%和30.56%;D-loop基因Tajima’s D中性检验值为-2.366 38，中性检验结果显示（P<0.01）极显著负值，表明该群体经历过种群扩张。黑斑原鮡种群的Cyt b和D-loop区基因适合进行黑斑原鮡的种内遗传分析，且D-loop区基因更具有进化优势，其种群的遗传多样性较低，对黑斑原鮡遗传育种与保护具有一定的参考价值。
关键词： 雅鲁藏布江 黑斑原鮡 遗传多样性 细胞色素b基因 D-loop区
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措勤紫绒山羊线粒体基因组全序列测定及分析
《内蒙古农业大学学报(自然科学版) 》 2022
摘要：措勤紫绒山羊是中国优良的绒用地方山羊品种，从线粒体水平分析其与其他中国地方山羊品种之间的系统发育关系，对措勤紫绒山羊的种群分类和遗传资源保护具有重要意义。本研究利用全基因组随机测序技术和生物信息学软件对措勤紫绒山羊线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现措勤紫绒山羊线粒体基因组全长16 641 bp，主要由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白编码基因和1个非编码控制区（D-loop区）4部分构成；基于线粒体基因组D-loop区序列构建8个地方山羊品种的系统进化树，发现措勤紫绒山羊与柴达木绒山羊的遗传距离最近，推测是由地理位置相近所导致的。本研究为措勤紫绒山羊的品种鉴定和系统发育关系提供了一定的数据支撑。
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西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
《畜牧与兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。
关键词： 藏山羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化树
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西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究
《西南民族大学学报(自然科学版) 》 2019
摘要：为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.
关键词： 藏黄牛 线粒体DNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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