科研产出
墨脱新光唇鱼线粒体全基因组测序与系统发育分析
《基因组学与应用生物学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：墨脱新光唇鱼（Neolissochilus hexagonolepis）属于雅鲁藏布江下游特有土著鱼类，具备良好的产业化开发前景。本研究测定了墨脱新光唇鱼的线粒体基因组全序列，并对其进行系统发育分析。结果表明：墨脱新光唇鱼线粒体基因组的大小为16 562 bp,包含13个蛋白编码基因（protein-coding genes, PCGs）、 22个转运RNA （transfer RNAs, tRNAs）基因、 2个核糖体RNA（ribosomal RNAs, rRNAs）基因和1个控制区（displacement-loopregion, D-loop）;碱基组成表现出明显的AT偏好性；13个PCGs仅nad6基因位于L链上，含量最高的氨基酸是亮氨酸（16.58%）;除tRNASer（GCT）缺少DHU臂以外，其他21个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构；D-loop区识别出3个结构域：终止序列区（termination associated sequence, TAS）、中央保守区（central conserved domain, CD）和保守序列区（conserved sequence block, CSB）;基于线粒体全基因组序列和线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基（cytochrome c oxidase subunit 1,cox1）基因序列构建系统发育树，验证了墨脱新光唇鱼的系统发育地位及其分类符合新光唇鱼属（Neolissochilus）的特征。研究结果发现，雅鲁藏布江下游的墨脱新光唇鱼与印度的墨脱新光唇鱼遗传距离大于2.00%,分子水平差异较大，对两个种群是否为同一物种提出疑问。该研究为雅鲁藏布江下游流域墨脱新光唇鱼的分类鉴定、系统进化及资源保护等提供了参考依据。
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青稞类钙调素蛋白基因CML19的克隆、序列分析及原核表达
《西北农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：根据鉴定得到青稞类钙调素蛋白基因CML19的序列设计引物,以青稞叶片的cDNA为模板,扩增得到目的片段,对目的基因序列进行鉴定和分析,进一步构建该基因的原核表达载体pET28a-CML19,转入大肠杆菌BL21(DE3),利用IPTG诱导外源蛋白质表达并检测。结果表明,扩增得到CML19的CDS序列全长为447bp,编码的蛋白质含有148个氨基酸,分子质量为16.46ku,理论等电点(pI)为4.40,总平均亲水性(GRAVY)为-0.176,不稳定系数为49.59,存在典型的EF手结构域;系统进化分析表明,青稞CML19与山羊草具有较近的亲缘关系;原核表达蛋白结果显示,重组蛋白主要以包涵体形式存在于沉淀中。初步阐明青稞CML19基因的序列特征,为进一步制备抗体、探讨CML19基因的功能奠定基础。
关键词： 青稞 类钙调素蛋白 CML19 序列分析 原核表达
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青稞核糖体蛋白基因HbRPL19的克隆、序列分析及原核表达
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】克隆青稞核糖体蛋白基因HbRPL19,分析其序列特征并在大肠杆菌中诱导目的蛋白,为后续的研究奠定基础。【方法】根据鉴定得到的青稞HbRPL19的序列设计了引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析,同时构建了原核表达载体p ET28a-RPL19,转化入大肠杆菌BL21(DE3)后利用IPTG诱导外源蛋白质表达并检测。【结果】成功扩增出了青稞核糖体蛋白基因HbRPL19的CDS全长序列,大小为654 bp。根据生物信息学分析的结果,HbRPL19编码的蛋白质含有217个氨基酸,相对分子质量为24.47 KD,理论等电点(p I)为10.42,总平均亲水性(GRAVY)为-0.353,不稳定系数为53.46,存在典型的SH3-like结构域和核糖体蛋白L19结构域。系统进化分析表明,HbRPL19与小麦和山羊草的RPL19具有较近的亲缘关系。蛋白表达结果显示,重组蛋白主要以包涵体形式存在于沉淀中。【结论】获得了青稞抗寒相关基因HbRPL19的序列和蛋白。
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青稞两个Rubisco相关酶基因的克隆和序列分析
《高原科学研究 》 2017
摘要：文章根据鉴定得到的青稞两个Rubisco相关酶00199和31184的序列设计了引物,从青稞叶片的cDNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行了测序鉴定和序列分析。结果表明,成功扩增出00199和31184两个基因的序列,大小分别为546bp和547bp。根据生物信息学分析得出结果:00199和31184为等位基因,序列相似性为90.98%,推测两者ORF全长均为546bp;00199编码的蛋白质含有181个氨基酸,相对分子质量为20.05KD,理论等电点(pI)为8.81,不含跨膜区和信号肽,存在典型的Rubisco结构域,是青稞光合作用中固定CO_2的重要酶之一。
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青稞新光合作用相关基因的克隆和序列分析
《大麦与谷类科学 》 2017
摘要：根据鉴定得到的青稞4个光合作用相关基因的序列设计引物,从青稞叶片的c DNA中扩增得到目的片段,并对目的基因序列进行测序鉴定和序列分析。结果成功扩增出4个基因的序列,大小分别为513、822、1023和579 bp。生物信息学分析表明,02833基因可能编码一个核糖-5-磷酸异构酶3;03360基因可能编码一个273个氨基酸的核酮糖-磷酸-3-异构酶,该蛋白属于ICL_KPHMT superfamily之一,推测其CDS全长为822 bp;45441基因可能编码一个340个氨基酸的苹果酸脱氢酶,该蛋白属于Ldh_1_C superfamily之一,推测其CDS全长为1 023 bp;45453基因可能编码一个果糖-1,6-二磷酸激酶。这些基因的克隆为研究青稞的光合机制奠定了基础。
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4个西藏小麦地方品种低分子量麦谷蛋白亚基基因的克隆及分析
《西南农业学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：低分子量麦谷蛋白亚基(LMW-GS)是小麦贮藏蛋白的主要成分,对面团延展性和食品加工品质有重要影响。本研究从西藏小麦地方品种中分离了4个LMW-GS基因(LMW-T1、LMW-T2、LMW-T3和LMW-T4)。LMW-T1、LMW-T2、LMW-T3和LMW-T4都具有LMW-GS基因的典型结构特征,编码区全长分别是930、930、897和915 bp,分别编码308、308、297和303个氨基酸,其推断氨基酸的分子量分别为32938.40、32978.42、31624.88和32122.20 Da。根据推断氨基酸中8个半胱氨酸残基的位置,LMW-T1和LMW-T2属于TypeⅢ类;LMW-T3和LMW-T4属于TypeⅤ类。系统进化树分析表明这4个基因与前人报道的低分子量麦谷蛋白基因相似性很高,其中LMW-T2、LMW-T3和LMW-T4与LMW-m型基因聚为一类。虽然LMW-T1的N-末端的第一个氨基酸是甲硫氨酸,但是LMW-T1与LMW-s型基因聚为一类。上述四个基因的克隆进一步丰富了小麦LMW-GS的基因库资源,有助于进一步了解LMW-GS基因的系统进化、结构与功能,可作为小麦品质改良的候选基因。
关键词： LMW-GS基因 序列分析 进化分析 西藏小麦地方品种
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西藏青稞4个B组醇溶蛋白基因的克隆和特征(英文)
《遗传学报 》 2006 SCI 北大核心 CSCD
摘要：从两份西藏青稞材料中分离克隆出4个B组醇溶蛋白基因(BH1-BH4),DNA测序结果表明:它们均包含完整的开放阅读框。推断的氨基酸序列与先前报道的大麦B组醇溶蛋白具有相同的蛋白质基本结构。系统分析表明:它们推断的氨基酸序列与栽培大麦中的B组醇溶蛋白具有较高的相关性,与野生大麦和山羊草属的醇溶谷蛋白相似性较低。并且,在4个基因BH1-BH4中,BH1与先前报道的B组醇溶蛋白基因有较低的序列相似性,因此我们对BH1基因进行了原核表达,含该基因的表达载体在大肠杆菌中表达出相对分子质量为28．15 kDa．并以包涵体形式存在的蛋白,进一步对其在青稞谷粒品质改良中的潜在价值进行了探讨。
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