科研产出
类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P<0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。
关键词： 牦牛 黄牛 egl-9家族缺氧诱导因子1基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析 荧光定量PCR
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牦牛HYOU1基因克隆及组织表达分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为探究HYOU1基因在牦牛中的组织表达谱,通过对西藏牦牛HYOU1基因的CDS区进行克隆测序,分析该基因的结构和功能,采用RT-PCR技术检测黄牛和牦牛肺脏、心脏、肝脏、乳腺、大脑及肌肉中HYOU1基因的相对表达量。结果表明:(1)HYOU1基因CDS区长度为3 006 bp,其中A、G、C和T含量分别为25.0%、31.1%、26.7%和17.1%,存在一定碱基偏好性;发现1个(ACG→ACA)SNP位点,为同义突变。(2)生物信息学分析表明该蛋白呈中性,为较不稳定、亲水性分泌信号蛋白;存在一个跨膜螺旋(TMhelix)区位于13-35氨基酸位置;二、三级蛋白结构分析发现其主要的空间构象为:无规则卷曲及α-螺旋。(3)聚类分析显示,西藏牦牛与野牦牛的遗传距离最近,与瘤牛及普通牛的遗传距离次之,与水牛最远。(4)RT-PCR结果显示HYOU1基因在黄牛和牦牛肝脏、乳腺、肺脏、大脑、心脏、肌肉6个组织中均有表达,且相对表达量依次递减;在相同组织中,黄牛组织的表达量均显著高于牦牛组织中的表达量(P<0.05),其中黄牛肝脏组织的表达量为牦牛表达量的4.4倍。
关键词： 牦牛 黄牛 HYOU1基因 生物信息学分析 组织表达谱
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兰格湖裸鲤肌肉生长抑制素基因(MSTN)的克隆及生物信息学分析
《水产学杂志 》 2019
摘要：2017年7月-2018年5月,用三层刺网(网目5cm)在西藏自治区日喀则市昂仁县浪措(29°12'33.45''N,87°23'5.46''E)(又名兰格湖)近岸水域采集兰格湖裸鲤Gymnocypris chui 15尾,克隆转化生长因子-beta(TGF-β)超家族中的重要成员-肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因,用生物信息学分析兰格湖裸鲤MSTN基因结构组成以及种间的遗传分化.研究结果表明,与其他脊椎动物相似,兰格湖裸鲤MSTN结构由3个外显子和2个内含子组成,序列全长3 526bp,碱基组成为A(29.6%);C(21.7%);G(20.6%);T(28.1%).氨基酸同源性分析表明,MSTN基因在大多脊椎动物中编码375个氨基酸,但是,MSTN基因在物种间存在一定的分化.系统发育分析表明,MSTN基因编码区序列高度保守,裂腹鱼亚科鱼类相似性达到99.8%,而与哺乳动物序列相似性较低,这与生物进化分类结果相一致.本研究结果可为开展兰格湖裸鲤的遗传学和保护生物学研究奠定基础.
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