科研产出
西藏桑桑牦牛CXCR2基因克隆及生物信息学分析
《中国草食动物科学 》 2024
摘要：为了研究牦牛CXCR2基因的结构、生物学功能及影响牦牛生长发育的机制,以西藏桑桑牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛CXCR2基因的编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析、结构域预测及蛋白理化性质预测,利用RT-qPCR技术进行组织表达分析.结果表明,桑桑牦牛CXCR2基因的CDS区全长876 bp,共编码291个氨基酸;结构域预测结果显示,在CXCR2氨基酸序列的1~245位有1个Pfam家族的7tm_1结构域;CXCR2蛋白分析预测结果显示,该蛋白有5个跨膜结构,无信号肽区域,分子量32 855.55 Da,原子总数4 726个,分子式为C1524H2416N392O374S20,不稳定性指数29.45,表明该蛋白质为稳定蛋白,理论等电点9.86,脂肪系数120.27,总平均亲水系数-0.657,为疏水性蛋白,共有21个磷酸化位点;亚细胞定位预测结果显示,桑桑牦牛CXCR2基因主要分布于内质网(55.6%)、线粒体(22.2%)和细胞核(22.2%)中;系统进化树结果显示,桑桑牦牛与瘤牛亲缘关系最近,与水牛亲缘关系最远.
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犏牛BMP4基因的克隆、生物信息学分析及在附睾的表达研究
《中国畜牧杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：骨形态发生蛋白4(BMP4)基因在哺乳动物生殖机能方面起着重要的调控作用.本研究通过分子克隆技术对犏牛BMP4基因的编码区序列进行克隆,分析BMP4基因的生物信息学特征及其在附睾组织中的表达特点.生物信息学分析结果显示:犏牛BMP4基因CDS区片段长1371 bp,编码456个氨基酸;BMP4蛋白存在一层跨膜结构,肽链中亲水性氨基酸的数量显著高于疏水性氨基酸,表明具有亲水性;组成犏牛BMP4蛋白的456个氨基酸中,100个氨基酸位于α螺旋区,占氨基酸总数的21.93%,82个氨基酸位于延伸链区,占总数的17.98%,14个氨基酸位于β转角区,占总数的3.07%,260个氨基酸以无规则状态存在,占总数的57.02%;犏牛BMP4氨基酸序列与牦牛、绵羊等物种存在较高的同源性,分别为99.2%和99.3%.qPCR分析结果显示:犏牛BMP4基因在附睾体部的表达显著高于头部和尾部.本研究为进一步探讨犏牛精子成熟机制及BMP4基因在犏牛附睾不同部位的作用机制提供了基础数据.
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羊口疮病毒内脏和口唇感染株B2L和F1L基因的比较分析
《云南农业大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]分析内脏和口唇感染羊传染性脓疱病病毒主要致病因子F1L和B2L基因和蛋白的差异,为进一步研究该病毒的致病机制提供参考.[方法]对内脏和口唇感染株F1L和B2L基因进行PCR扩增后克隆测序,运用生物信息学软件对其序列及编码蛋白的二级结构、磷酸化位点和跨膜结构域进行预测和分析.[结果]内脏株和口唇株的F1L基因长度均为1 564 bp,分别编码342和343个氨基酸;B2L基因长度均为1 370 bp,均编码378个氨基酸.内脏和口唇感染株B2L基因核苷酸序列同源性为97.80%,氨基酸序列同源性为98.15%;两者的F1L基因核苷酸序列同源性为95.49%,氨基酸序列同源性为87.20%.氨基酸组成显示:内脏和口唇感染株B2L蛋白缬氨酸含量最高;口唇株F1L蛋白亮氨酸含量最高,内脏株F1L蛋白精氨酸含量最高.[结论]羊口疮病毒内脏和口唇感染株的B2L基因保守性良好,而F1L基因差异明显,本结果可为进一步研究羊口疮病毒致病机制提供参考.
关键词： 羊口疮病毒 口唇感染株 F1L基因 B2L基因 生物信息学分析
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色瓦绵羊VPS28基因的克隆、生物信息学分析及表达研究
《中国畜牧杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：液泡分选相关蛋白 28(Vacuolar Protein Sorting-associated Protein 28,VPS28)是内吞体分选转运复合体I(Endosomal Sorting Complex Required for Transport I,ESCRTI)的组成亚基之一,通过控制细胞内多泡体(MVBs)的形成来参与长链脂肪酸、甘油三酯和分泌蛋白的转运.为探究VPS28基因在色瓦绵羊育种繁殖中的作用,本实验克隆了色瓦绵羊VPS28基因并进行生物信息学分析,测定该基因在乳腺、肌肉、心脏、小肠等10个组织中的表达.结果显示:VPS28基因编码区长度为666 bp;VPS28蛋白序列全长221个氨基酸,相对分子质量为 25484.25;等电点为 5.37,是细胞内一种酸性亲水性蛋白,不具跨膜结构.VPS28基因在色瓦绵羊乳腺、心脏、小肠等 10 个组织中都有表达,其中在乳腺和小肠中的表达量显著高于肌肉、心脏等其他组织(P<0.0001),在肌肉组织中的表达量最低.研究结果表明:VPS28基因在乳腺组织中高表达,可能与色瓦绵羊产奶性状相关.这一研究结果为VPS28基因在色瓦绵羊产奶性状的功能研究提供了参考依据.
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牦牛CST3基因的克隆、表达及生物信息学分析
《中国畜牧杂志 》 2022 北大核心
摘要：CST3基因又名半胱氨酸蛋白酶抑制剂3,其翻译的蛋白质作用是抑制半胱氨酸蛋白酶.为研究牦牛附睾精子成熟相关机理,本研究克隆了牦牛CST3基因并进行生物信息学分析,测定其在附睾不同区域(头、体和尾)的表达.结果显示:CST3基因的编码区全长为447 bp;CST3蛋白的分子量为16.26 ku,等电点为9.23,弱碱性蛋白,存在信号肽序列;CST3蛋白序列长度为148个氨基酸,存在一个跨膜区,表达于细胞质和分泌;CST3基因在附睾头体尾均有表达,且头部的表达量远高于体部和尾部(P<0.05).本研究结论为牦牛CST3基因的理论研究提供了相关依据.
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牦牛MDHI基因的克隆及组织表达分析
《生物技术通报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：苹果酸脱氢酶具有氧化还原活性,主要控制动物机体的能量代谢。旨在克隆牦牛MDHI基因,结合生物信息学和组织表达分析,为研究牦牛MDHI基因的理化性质及功能奠定基础。结果显示,该基因的cDNA序列长1 169 bp,CDS区全长1 005 bp,编码334个氨基酸,编码的蛋白为亲水性稳定蛋白;属于保守结构域家族;有两个跨膜区,分别是6-22位和34-54位;存在26个磷酸化位点,其中有11个Ser磷酸化位点、11个Thr磷酸化位点、4个Tyr磷酸化位点;二级结构主要由α-螺旋(152个,占45.51%),无规卷曲(110个,占32.93%)组成;三级结构与猪细胞质苹果酸脱氢酶、α-酮丙二酸和四氢NAD的三元复合物的晶体结构具有98.50%的相似性;亚细胞定位分析得到在内质网中分布最多,在高尔基体和细胞核中分布最少;同源性及系统进化树分析表明牦牛该基因与普通牛的同源性最高,推测牦牛MDHI基因在进化水平上较为保守;组织表达分析表明该基因在臀脂中表达量最高,在臀肌中表达量较低,说明该基因参与机体脂肪沉积的调控。成功克隆了MDHI基因CDS区、并进行了生物信息学及组织表达分析。
关键词： 牦牛 MDHI基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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类乌齐牦牛ACTA1基因克隆、分子特性及差异表达分析
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】骨骼肌α肌动蛋白1(actin alpha 1, ACTA1)主要参与骨骼肌纤维的发育,在骨骼肌活动中发挥重要作用。本试验主要扩增类乌齐牦牛ACTA1基因的cDNA序列,检测ACTA1基因在类乌齐牦牛不同组织中mRNA水平的表达规律。【方法】采用RT-PCR方法扩增并克隆类乌齐牦牛ACTA1基因CDS区;通过在线软件对其一级结构、二级结构、三级结构进行生物信息学分析;利用核苷酸序列及氨基酸序列进行同源性和系统进化树分析;应用RT-qPCR技术检测ACTA1基因在类乌齐牦牛不同组织中的表达模式。【结果】类乌齐牦牛ACTA1基因编码区全长1134 bp,结构稳定,共编码377个氨基酸。生物信息学分析发现,类乌齐牦牛ACTA1基因编码的蛋白质是一种结构较稳定、带负电的亲水性蛋白,二、三级结构以α-螺旋为主,包含2个明显的跨膜区域,无信号肽,属胞内蛋白。保守结构域中含有明显的NDB区域,蛋白结构高度保守。同源性分析表明,类乌齐牦牛与水牛ACTA1基因的核苷酸及氨基酸同源性均较高。系统进化树分析显示,类乌齐牦牛与水牛亲缘关系最近,黄牛次之。实时荧光定量PCR结果显示,ACTA1基因在臀肌和大脑高表达。【结论】获得类乌齐牦牛ACTA1基因的CDS区全长1134 bp,ACTA1基因在类乌齐牦牛肌肉和大脑组织中显著表达,为进一步研究分析ACTA1基因在调控牦牛肌肉发育及机制等方面奠定基础。
关键词： 类乌齐牦牛 ACTA1基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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类乌齐牦牛SIRT3基因克隆与生物信息学及差异表达分析
《中国畜牧杂志 》 2019 北大核心
摘要：本实验旨在丰富牦牛SIRT3基因的基础研究,通过对西藏类乌齐牦牛SIRT3基因克隆、生物信息学分析及差异表达分析,进一步探讨SIRT3基因的生理功能及分子机制。结果表明:类乌齐牦牛SIRT3基因CDS区长1002bp,编码333个氨基酸,与普通牛SIRT3基因CDS区比对存在碱基突变,编码氨基酸发生错义和同义突变,同义突变发生在碱基第49、279、342、384位,错义突变发生在碱基第149和620位,其编码蛋白属亲水性蛋白,有多个跨膜区域和磷酸化位点,无信号肽片段,主要位于线粒体,二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主;SIRT3基因编码蛋白在催化活性、核苷酸结合及辅因子结合等过程发挥主要功能,主要参与生物体代谢过程;类乌齐牦牛SIRT3基因序列与普通牛一致性较高,亲缘关系最近;QPCR分析显示,SIRT3基因在牦牛肝脏中的表达水平极显著高于其他组织(P<0.01)。
关键词： 类乌齐牦牛 SIRT3基因 克隆 生物信息学分析 组织表达
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类乌齐牦牛UCP3基因克隆与序列分析
《青海畜牧兽医杂志 》 2019
摘要：利用RT-PCR方法成功克隆UCP3基因,对其核苷酸序列及氨基酸序列进行生物学在线分析。结果表明,类乌齐牦牛UCP3基因CDS区序列长为936bp,A、G、C和T平均含量分别为20.83%、28.63%、31.09%和19.44%;与普通牛UCP3基因CDS区序列一致性高达99%;共发现碱基突变位点6个,其中同义突变4个,反义突变2个。UCP3基因共编码311个氨基酸,分子质量为34.18ku,理论等电位点9.53;其主要分布在线粒体内膜上,为非分泌蛋白;具有α-螺旋、无规则卷曲、延伸链、β-转角等结构。由系统进化树可知,类乌齐牦牛与野牦牛最接近,与普通牛次之。
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牦牛RETN基因克隆及组织表达分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了克隆RETN基因,并对RETN基因在4.5岁牦牛不同组织器官中的相对表达差异进行分析,提取类乌齐牦牛心脏、肝脏、肺脏、脾脏、臀肌、臀脂、乳腺、大脑组织总RNA,克隆得到RETN基因cDNA片段428 bp,利用RT-qPCR技术检测RETN基因在不同组织器官中的相对表达情况。结果表明:RETN基因开放阅读框长度为330 bp,编码109个氨基酸,与黄牛亲缘关系最近(相似性为99.7%),与小鼠亲缘关系最远(相似性为66.1%);RETN蛋白的理化性质稳定,整条肽链呈亲水性,无信号肽,无跨膜区,主要在线粒体中发挥作用;该蛋白质主要由α-螺旋和无规则卷曲组成;RETN基因在牦牛心脏、肝脏、肺脏、脾脏、臀肌、臀脂、乳腺、大脑组织器官中均有不同程度的表达,在肺脏、脾脏、乳腺组织器官中的相对表达量极显著高于其他组织器官(P<0.01),在臀肌和大脑中的相对表达量较低。说明RETN基因可能在脾脏、肺脏和乳腺中具有调控作用。
关键词： 牦牛 RETN基因 基因克隆 生物信息学分析 组织表达
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