科研产出
墨脱新光唇鱼线粒体全基因组测序与系统发育分析
《基因组学与应用生物学 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：墨脱新光唇鱼（Neolissochilus hexagonolepis）属于雅鲁藏布江下游特有土著鱼类，具备良好的产业化开发前景。本研究测定了墨脱新光唇鱼的线粒体基因组全序列，并对其进行系统发育分析。结果表明：墨脱新光唇鱼线粒体基因组的大小为16 562 bp,包含13个蛋白编码基因（protein-coding genes, PCGs）、 22个转运RNA （transfer RNAs, tRNAs）基因、 2个核糖体RNA（ribosomal RNAs, rRNAs）基因和1个控制区（displacement-loopregion, D-loop）;碱基组成表现出明显的AT偏好性；13个PCGs仅nad6基因位于L链上，含量最高的氨基酸是亮氨酸（16.58%）;除tRNASer（GCT）缺少DHU臂以外，其他21个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构；D-loop区识别出3个结构域：终止序列区（termination associated sequence, TAS）、中央保守区（central conserved domain, CD）和保守序列区（conserved sequence block, CSB）;基于线粒体全基因组序列和线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基（cytochrome c oxidase subunit 1,cox1）基因序列构建系统发育树，验证了墨脱新光唇鱼的系统发育地位及其分类符合新光唇鱼属（Neolissochilus）的特征。研究结果发现，雅鲁藏布江下游的墨脱新光唇鱼与印度的墨脱新光唇鱼遗传距离大于2.00%,分子水平差异较大，对两个种群是否为同一物种提出疑问。该研究为雅鲁藏布江下游流域墨脱新光唇鱼的分类鉴定、系统进化及资源保护等提供了参考依据。
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茶六斑褐锦斑蛾Sorita pulchella线粒体基因组特征与系统发育分析
《河南农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解茶六斑褐锦斑蛾（Sorita pulchella）线粒体基因组特征，探究其分类地位，并分析蛾类高级分类阶元的系统发育关系。【方法】野外采集西藏自治区林芝市易贡茶场发生的茶六斑褐锦斑蛾。采用高通量测序的方法获得线粒体基因组序列并分析其基因组结构特征；用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树，探讨鳞翅目斑蛾科昆虫系统发育关系。【结果】茶六斑褐锦斑蛾（GenBank登录号：MZ157403）线粒体基因组序列的总长度为15 216 bp,编码37个基因，即13个蛋白质编码的基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因（rrnL和rrnS）和1个A+T富含区。其基因组成与其它已知的鳞翅目昆虫一致。蛋白质编码基因的A+T的含量为77.7%,长度为10 830 bp。tRNA中的A+T的含量则为80.9%。22个tRNA的二级结构仅trnS1缺少二氢尿嘧啶环，其它tRNA的二级结构都为典型的三叶草型。20个种进行了系统发育分析，包括两个外群。贝叶斯系统发育树显示斑蛾科内的系统发生关系为：（Zeuzera multistrigata+Endoxyla cinereus）+（（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens））））+（（Phauda flammans+Zygaenafilipendulae+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+Eterusia aedea+（Histia rhodope+Sorita pulchella）））））））。最大似然树的结果为：（Endoxyla cinereus+Zeuzera multistrigata+（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens）））+（Zygaena filipendulae+（Phauda flammans+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+（Histia rhodope+（Eterusia aedea+Sorita pulchella）））））））））。【结论】斑蛾科和刺蛾科皆为单系群。贝叶斯系统发育结果表示，六星斑蛾和朱红毛斑蛾分化较早，梨星毛虫与榆斑蛾互为姐妹群，玉带斑蛾单独成为一支，釉锦斑蛾和黑心赤眉锦斑蛾互为姐妹群，茶六斑褐锦斑蛾与重阳木褐锦斑蛾互为姐妹群，它们组成的一支再与茶柄脉锦斑蛾互为姐妹群。
关键词： 茶六斑褐锦斑蛾 线粒体基因组 高通量测序 系统发育关系
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查吾拉牦牛线粒体全基因组序列及系统发育分析
《中国草食动物科学 》 2023
摘要：为了解查吾拉牦牛(Bos grunniens)线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释.结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16323 bp,其核苷酸组成分别为:A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%.总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因(ND1~ND6、ND4L、COX1~COX3、ATP6、ATP8和CYTB),以及1个非编码控制区(D-loop).ND6和8个tRNA基因(tRNA-Ser、tRNA-Pro、tRNA-Glu、tRNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNA-Gln)均编码在轻链上,其余基因编码在重链上.系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近.综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良.
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措勤紫绒山羊线粒体基因组全序列测定及分析
《内蒙古农业大学学报(自然科学版) 》 2022
摘要：措勤紫绒山羊是中国优良的绒用地方山羊品种，从线粒体水平分析其与其他中国地方山羊品种之间的系统发育关系，对措勤紫绒山羊的种群分类和遗传资源保护具有重要意义。本研究利用全基因组随机测序技术和生物信息学软件对措勤紫绒山羊线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现措勤紫绒山羊线粒体基因组全长16 641 bp，主要由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白编码基因和1个非编码控制区（D-loop区）4部分构成；基于线粒体基因组D-loop区序列构建8个地方山羊品种的系统进化树，发现措勤紫绒山羊与柴达木绒山羊的遗传距离最近，推测是由地理位置相近所导致的。本研究为措勤紫绒山羊的品种鉴定和系统发育关系提供了一定的数据支撑。
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西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
《畜牧与兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。
关键词： 藏山羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化树
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