科研产出
奶牛场厌氧发酵牛粪生产垫料工艺中菌群变化的研究
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究奶牛场粪污厌氧发酵生产垫料工艺过程中菌群的变化,为奶牛场牛粪垫料标准化生产和合理安全使用提供理论参考.[方法]采集4个规模化奶牛场中粪污厌氧发酵前牛粪、厌氧发酵固液分离后的牛粪及牛卧床上的牛粪垫料,提取菌体DNA进行16S rRNA高通量测序,对于不同阶段的微生物多样性、菌群组成及显著差异的特征菌群进行分析.[结果]与发酵前牛粪相比,经过厌氧发酵固液分离后的牛粪中菌群多样性和丰富度均降低,但与牛粪垫料菌群多样性和丰度相似.发酵前牛粪中丰度最高的菌门和菌属分别为厚壁菌门(Firmicutes,55.15%)和瘤胃菌科UCG-005菌属(UCG-005,16.68%),厌氧发酵固液分离后牛粪中丰度最高的菌门和菌属分别为厚壁菌门(48.12%)和芽孢杆菌属(Bacillus,12.16%),牛粪垫料中丰度最高的菌门和菌属分别为放线菌门(Actinobacteriota,37.02%)和谷氨酸杆菌(Glutamicibacter,11.65%).通过LEfSe分析发现,发酵前牛粪、厌氧发酵固液分离后牛粪及垫料3组间存在显著差异的菌属共有14种.[结论]通过对奶牛场厌氧发酵牛粪生产垫料过程中菌群组成的研究,发现优势菌门和菌属均发生了较大改变,发酵处理后菌群多样性和丰富度均降低,该种生产工艺完全满足奶牛场对牛粪垫料安全性的需要.
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两种不同生境卤虫肠道微生物差异及其对宿主环境适应性的影响
《海洋与湖沼 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：卤虫(Artemia)是生存在高盐水体中的小型甲壳动物，其能够耐受多种极端环境，并可在不同的栖息地展现出不同的生理适应性，然而目前对于不同海拔地区卤虫肠道微生物组成及其与卤虫环境适应机制了解甚少。采用16S rRNA高通量测序和代谢组学技术，首次对来自高海拔地区的拉果错卤虫(A. tibetiana)和低海拔地区的渤海湾卤虫(A. franscicana和A. parthenongenetica的混种)的肠道菌群进行分析。结果显示，变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和弧菌属(Vibrio)的丰度在拉果错卤虫肠道内显著升高，而嗜盐乳杆菌属(Halolactibacillus)、玫瑰变色菌属(Roseovarius)等的丰度在渤海湾卤虫肠道内更有优势。代谢组学分析表明，与低海拔的渤海湾卤虫相比，拉果错卤虫参与的“抗生素生物合成”和“不饱和脂肪酸的生物合成”代谢途径明显富集，戊丙酯菌素、玫瑰黄素以及脂肪酸合成所必需的二十碳五烯酸(EPA)、α-亚麻酸、脂肪酰辅酶A等代谢物显著积累(P<0.05)。这些代谢物的积累可能有利于增强拉果错卤虫适应高海拔恶劣环境的能力。研究结果揭示了在高低海拔两种不同生境中的卤虫在肠道微生物群落组成和肠道代谢产物方面均存在显著差异，从而为不同生境卤虫的环境适应机制提供重要见解。
关键词： 卤虫 海拔 肠道微生物 代谢组学 16S rRNA
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1株拉萨裸裂尻鱼源致病性中间气单胞菌的分离鉴定
《水产科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为查明引起拉萨裸裂尻鱼患病的病原菌,自濒临死亡的病鱼肝脏中分离到1株优势菌LS-01,经回归感染试验确定为致病菌。结合革兰氏染色、生理生化试验和分子生物学方法进行综合鉴定,同时探究菌株LS-01的耐药性。试验结果显示,菌株LS-01为革兰氏阴性菌,基于16S rRNA和gyrB基因构建的系统发育树与中间气单胞菌聚为一支,相似率超过99%,结合该菌的形态学特征和生理生化特性,综合鉴定为中间气单胞菌。人工感染试验结果表明,中间气单胞菌LS-01的半数致死密度为3.98×106 cfu/mL。药敏试验表明,中间气单胞菌LS-01对头孢他啶、头孢哌酮、左氧氟沙星、氟苯尼考等12种药物高度敏感。
关键词： 拉萨裸裂尻鱼 中间气单胞菌 16S rRNA gyrB 药敏试验
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不同海拔拉萨裸裂尻线粒体16S rRNA基因序列变异及遗传多样性分析
《水产科技情报 》 2019 北大核心
摘要：为了研究拉萨裸裂尻鱼(Schizopygopsis younghusbandi)的种群遗传多样性,为该鱼的资源保护和养殖提供科学依据,对采自雅鲁藏布江4个海拔江段的33尾拉萨裸裂尻鱼样本的线粒体16S rRNA基因片段进行扩增测序,计算遗传距离、核苷酸位点变异、核苷酸多样性和单倍型多样性,构建单倍网络图和系统发育树.经检测,33个样本均获得有效16S rRNA基因扩增片段,片段大小为563 bp,从33个个体中共检出8种单倍型,其中海拔为4 565 m的拉萨裸裂尻9尾,4个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 002 07和0. 833,平均核苷酸差异数最大,为1. 167;海拔为4 005 m的拉萨裸裂尻10尾,4个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 001 89和0. 644,平均核苷酸差异数为1. 067;海拔为3 609 m的拉萨裸裂尻10尾,2个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 000 71和0. 378,平均核苷酸差异数最小,为0. 400;海拔为2 909 m的拉萨裸裂尻4尾,1个变异位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0. 000 89和0. 500,平均核苷酸差异数为0. 500.分析结果表明,拉萨裸裂尻不同海拔种群的遗传多样性与其相应海拔的人类干预程度呈负相关.
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