科研产出
青稞根瘤菌的分离及其多基因分类鉴定
《生物学杂志 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：以西藏昌都市高海拔地区青稞种植农田土壤为材料,采用4℃低温培养手段,从R和M5培养基中分离得到两株根瘤菌,菌株编号为T786和T808.经形态学、生理生化鉴定和16S rRNA序列分析,初步鉴定为Neorhizobium属和Pararhizobium属根瘤菌;进一步对菌株的ATP操纵子(atpD)、重组蛋白A(recA)、RNA聚合酶β亚基(rpoB)、苏氨酸合酶(thrC)和谷氨酰胺合成酶(glnII和glnA)共6对管家基因序列进行分析,发现菌株Neorhizobium sp.T786和Pa-rarhizobium sp.T808的6对管家基因相似度和多基因ANI值均远小于根瘤菌新种阈值(95%~96%),表明菌株T786和T808为潜在的根瘤菌新种.菌株T786和T808的发现对丰富青藏高原地区根瘤菌种质资源具有重要意义.
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牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用
《园艺学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。
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