科研产出
干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析
《西藏农业科技 》 2019
摘要：为阐明青稞在旱胁迫下基因发生可变剪切的规律,本研究以抗旱的"喜拉16号"和旱敏感的"迪庆黑元桂"为试验材料,分别对对照和21%PEG浓度下处理的样本进行多时间点的全转录组测序。结果表明,利用Leaf Cutter软件在所有的样品中共检测到了22 181个可变剪切事件;通过PCA分析发现,可变剪切具有明显的品种间特异性;另外,通过与抗旱基因数据库比对分析发现,在干旱胁迫处理下2个类型品种间有多个抗旱相关的基因发生了显著的差异可变剪切,分别是HVUL1H16429 (AtrbohF)、HVUL1H12808 (HAB1)、HVUL4H58649 (ABF4)、HVUL4H35985 (AtrbohD)、HVUL7H07799 (LOS5)、HVUL3H43774 (CLCc)、HVUL3H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);对2个品种各自在对照与旱胁迫条件下的差异可变剪切基因进行pathway分析,发现了抗旱品种的差异可变剪切基因参与了更多的pathway,并且鉴别出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism这4条通路显著富集。为解析青稞抗旱分子机理与培育青稞抗旱新品种奠定了理论基础。
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口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析
《中国畜牧兽医 》 2014 北大核心
摘要：本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV)Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础。从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定。结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099bp;5′NCR长1040bp,开放阅读框长6966bp;3′NCR长93bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构。通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30bp的缺失。另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ4个毒株为同一基因型。
关键词： 口蹄疫病毒 Hankou/99株 全基因组 序列测定 VP1
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