科研产出
1株羊源马链球菌的生物学特性及全基因组测序分析
《中国兽医学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究马链球菌的生物学特性及全基因组序列，对本实验室保存的1株羊源马链球菌进行复苏、生化试验、药敏试验及动物试验，随后通过全基因组测序并利用生物基因数据库对基因组的基因功能进行注释。生化鉴定结果显示，该菌株能发酵糖类，但硝酸盐、过氧化氢酶、V-P试验、M-R试验结果为阴性；药敏试验结果显示，该菌株对绝大部分抗生素呈高度敏感，对卡那霉素、丁胺卡那呈耐药；动物试验显示，该菌株对小鼠的致死率为100%,并测得该菌株的半数致死量为4.86×10~6 CFU/kg;小鼠的病理切片结果显示：肺脏、肝脏、肾脏、脾脏均有不同程度的病变；全基因组测序结果显示，该菌株基因组总长为2 272 497 bp, G+C的含量为41.1%,预测含有2 124个CDS区；RNA预测结果显示：rRNA的数量为15个，tRNA数量为57个含有4个前噬菌体和基因岛，VFDB数据库中有362个与致病性相关的基因，不含CRISPR序列。本研究解析了羊源马链球菌的全基因组，同时也为该病的治疗与防控提供了理论依据。
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干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析
《西藏农业科技 》 2019
摘要：为阐明青稞在旱胁迫下基因发生可变剪切的规律,本研究以抗旱的"喜拉16号"和旱敏感的"迪庆黑元桂"为试验材料,分别对对照和21%PEG浓度下处理的样本进行多时间点的全转录组测序。结果表明,利用Leaf Cutter软件在所有的样品中共检测到了22 181个可变剪切事件;通过PCA分析发现,可变剪切具有明显的品种间特异性;另外,通过与抗旱基因数据库比对分析发现,在干旱胁迫处理下2个类型品种间有多个抗旱相关的基因发生了显著的差异可变剪切,分别是HVUL1H16429 (AtrbohF)、HVUL1H12808 (HAB1)、HVUL4H58649 (ABF4)、HVUL4H35985 (AtrbohD)、HVUL7H07799 (LOS5)、HVUL3H43774 (CLCc)、HVUL3H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);对2个品种各自在对照与旱胁迫条件下的差异可变剪切基因进行pathway分析,发现了抗旱品种的差异可变剪切基因参与了更多的pathway,并且鉴别出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism这4条通路显著富集。为解析青稞抗旱分子机理与培育青稞抗旱新品种奠定了理论基础。
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口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析
《中国畜牧兽医 》 2014 北大核心
摘要：本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV)Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础。从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定。结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099bp;5′NCR长1040bp,开放阅读框长6966bp;3′NCR长93bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构。通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30bp的缺失。另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ4个毒株为同一基因型。
关键词： 口蹄疫病毒 Hankou/99株 全基因组 序列测定 VP1
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