科研产出
虫草素抗三阴性乳腺癌的转录组学分析
《生物技术通报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：前期研究表明,蛹虫草活性成分虫草素能有效抑制乳腺癌移植瘤的生长和转移,但其作用机制未清楚。本研究取三阴性乳腺癌移植瘤样品,通过转录组测序技术分析虫草素抗乳腺癌移植瘤的分子作用机制。结果表明,以P<0.05、log2|FC|>1为标准,筛选获得584个差异表达基因,其中上调基因69个,下调基因515个;KEGG分析表明,虫草素对乳腺癌移植瘤的分子调控涉及Hippo signaling pathway、Hedgehog signaling pathway、ECM-receptor interction、TGF-beta signaling pathway等多条癌症相关信号通路;GO分析表明,这些差异基因富集在biological adhesion、growth、metabolic process、locomotion和biological process等16个生物学过程中,提示虫草素对乳腺癌移植瘤生长与转移有极显著的调节作用;进一步对生长和转移过程的基因进行PPI互作分析,提示Hedgehog signaling pathway、Hippo signaling pathway是虫草素抗三阴性乳腺癌的重要潜在作用通路。研究结果提示Hippo-Yap/TAZ信号通路和Hedgehog-Gli信号通路为潜在作用通路,为进一步理解虫草素治疗三阴性乳腺癌的分子机制奠定了基础。
关键词： 虫草素 转录组 三阴性乳腺癌 Hedgehog Hippo
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产双羔彭波半细毛羊发情期卵巢基因表达差异研究
《四川动物 》 2020 北大核心
摘要：彭波半细毛羊是西藏自治区第一个国家级家畜新品种,对其产羔性状的研究有助于推动藏绵羊繁殖力研究工作。为研究产双羔彭波半细毛羊发情期内卵巢基因的特异调控模式,采用转录组测序对其差异表达基因进行了筛选和分析。结果发现,双羔组相对于单羔组有1 021个基因表达上调,1 468个基因表达下调。GO和KEGG分析发现,上调基因主要与细胞膜结构相关,下调基因主要与物质代谢等相关。其中,上调基因显著富集于与细胞膜相关的细胞粘附、细胞运动、物质运输、信号转导等生命活动。研究结果表明,双羔组卵巢内细胞的物质运输和信号转导频率加快,以促进卵泡的分化和发育;同时,双羔组卵巢内细胞的粘附及运动功能增强,有利于卵母细胞的发育和成熟卵子的排出。此外,卵巢中细胞粘附因子、TGF-beta信号通路和溶质运载蛋白家族基因的上调表达可作为彭波半细毛羊产双羔性状的潜在信号进行更深入的研究。研究结果不仅有利于对彭波半细毛羊产双羔性状的研究和利用,更有利于人们对藏绵羊繁育力的深入研究。
关键词： 彭波半细毛羊 产羔数性状 卵巢发育 转录组测序 差异表达基因
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miR-127-3p对C2C12细胞成肌分化和转录组的影响
《西北农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：前期研究表明,miR-127-3p参与骨骼肌细胞分化的调控,但对于miR-127-3p调控的靶基因及其在成肌分化中的作用还不清楚。应用qRT-PCR与细胞形态学方法研究过表达miR-127-3p对C2C12成肌细胞分化及成肌标志基因MyoD、MyoG和Myosin表达的影响;RNA-Seq分析过表达miR-127-3p对成肌细胞转录组的影响,鉴定差异表达基因并对其功能进行初步研究。结果表明,过表达miR-127-3p显著促进C2C12细胞的成肌分化与MyoD、MyoG和Myosin表达;RNA-Seq分析共鉴定到3个差异基因,均为下调基因,其中包括2个转录因子(Irf7和Ddit3)。GO与KEGG分析显示,这些差异基因显著富集于免疫和能量代谢过程/信号通路。生物信息学分析发现,miR-127-3p可与Ddit3基因的CDS区发生碱基互补配对,进而抑制其表达。表明在转录组水平上,miR-127-3p可能通过直接靶向Ddit3基因/转录因子调控免疫与能量代谢类基因的表达,进而调节成肌细胞分化。
关键词： RNA-Seq microRNA 过表达 C2C12 成肌分化
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西藏大花黄牡丹雄蕊瓣化研究初探
《西藏农业科技 》 2018
摘要：【目的】探寻西藏大花黄牡丹雄蕊瓣化的原因。【方法】对西藏大花黄牡丹雄蕊瓣化植和正常植株进行形态学观察,利用RNA-seq技术进行转录组的分析,同时获得大量表达差异的unigene序列,通过GO和KEGG通路分析进行比对。【结果】西藏大花黄牡丹正常株与变异株在长枝长度上存在极显著性差异,在长枝茎粗上有显著性差异,在短枝长度和茎粗上没有显著性差异。GDSL esterase/lipase At1g54790、polygalacturonase-inhibiting protein 2个基因参与雄蕊瓣化。【结论】最有可能的是polygalacturonase-inhibiting protein基因参与大花黄牡丹雄蕊瓣化。
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西藏黄牡丹授粉前后转录组测序和生物信息学分析
《西藏农业科技 》 2017
摘要：采用Illumina Hiseq2000高通量测序技术对西藏黄牡丹授粉前后花蕾转录组测序,运用生物信息学分析基因表达谱研究和差异表达基因功能预测,以期了解西藏黄牡丹授粉前后花蕾生长发育分子机理,并为西藏黄牡丹的基因水平研究奠定基础。结果表明:对过滤得到的高质量序列进行拼装授粉前(A2-1)和授粉后(A3-1)平均得到了45453条和53742条unigenes,GC含量分别为41.64%和41.98%,Unigenes的平均长度为822bp和722bp。两个样品之间差异表达的上调基因有11321个,差异表达的下调基因有5585个。其中13288个差异表达基因(DGEs)分别注释到GO数据库,分别涉及到细胞组成成份(cellular component),生物学过程(biological process)和分子功能(molecular function)三大功能。KEGG数据库成功注释9842个DEGs,占总DEGs的58.22%。共涉及Cellular Processes(细胞过程)、Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、Human Diseases(人类疾病)、Metabolism(代谢)、Organismal Systems(生物系统)等6个大的功能类别。本研究首次对西藏黄牡丹转录组进行了分析,为黄牡丹的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。
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