西藏牛与三江牛心脏组织低氧适应相关circRNA分析

白佳灵; 王会; 钟金城; 陈智华; 柴志欣; 王吉坤; 王嘉博; 武志娟; 信金伟; 《农业生物技术学报 》 2021 北大核心 CSCD

摘要：环状RNA （circle RNA, circ RNA）是一种共价封闭的内源性生物分子,在高原动物低氧适应性中具有重要作用。高通量测序技术以成本低、通量高与速度快等优势,在哺乳动物与人类疾病研究中广泛应用,然而目前对西藏牛（Bos taurus）高原适应性相关circ RNA的研究鲜有报道。本研究以西藏牛和三江牛为对象,选择对高原低氧环境敏感的心脏组织,使用Illumina Hi Seq TM 4000平台对西藏牛与三江牛心脏组织circ RNA进行测序,对其差异表达谱进行分析,并预测circ RNA-mi RNA-m RNA之间的靶向关系,构建circ RNA-mi RNA-m RNA可视化调控网络。在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选得到差异表达circ RNA 283个,其中显著上调的278个,显著下调的5个;GO功能富集分析显示,其来源基因被注释到45个功能条目;KEGG信号通路（pathway）功能富集分析表明,其来源基因主要显著富集在泛素介导的蛋白水解通路和c GMP-PKG信号通路等通路;novel_circ₀18959与mi R-142-x、mi R-144-y、mi R-1908-x、mi R-2302-y、mi R-1273-y等mi RNA存在靶向关系,而这些mi RNA的靶基因中包括ECE1、NFATC1、CAST、COX7C等低氧适应性候选基因,推测novel_circ₀18959很可能参与西藏牛低氧适应性调控,其具体功能及调控机制有待进一步研究。本研究结果为深入揭示circ RNA在西藏牛高原低氧适应过程中的分子机制提供了基础数据支持。

关键词： 西藏牛 三江牛 心脏组织 circRNA 低氧适应性