科研产出
早期断奶对藏西北白绒山羊小肠微生物组成及屏障基因表达的影响
《中国畜牧杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：本试验旨在研究早期断奶对藏西北白绒山羊羔羊小肠屏障基因表达量及回肠微生物群的影响，为提高牧区山羊高效健康养殖提供理论依据。选用18只体况良好、生长健康，初生重为（2.25±0.18）kg的雌性藏西北白绒山羊羔羊，随机分为2组，羔羊分别于28日龄（D28）和60日龄（D60）实施早期断奶，所有羔羊在断奶后饲喂相同的固体颗粒料至75日龄。结果表明：D28组羔羊小肠黏膜损伤较小，回肠绒毛高度、隐窝深度、肌层厚度与D60组相比无显著差异，D28组十二指肠绒毛高度高于D60组（P＜0.01）,D28组空肠绒毛宽度高于D60组（P＜0.01）,2组羔羊十二指肠、空肠、回肠绒毛高度与隐窝深度比值均无显著差异。小肠上皮的促凋亡（Bax、Caspase-8）和紧密连接蛋白（ZO-1、Claudin-1）基因表达无显著差异，而D28组羔羊显著降低了回肠上皮INF-γ、TNF-α等促炎因子基因的表达量。16S rRNA基因测序发现，D28组回肠中Clostridium＿XlVa相对丰度上升、Bifidobacteriaceae丰度降低（P＜0.05）。综上，在高海拔极端条件下，对藏西北白绒山羊实施28日龄早期断奶后补充固体颗粒料不会显著上调羔羊小肠促炎基因的表达，对羔羊小肠紧密连接蛋白基因无显著影响，不会显著影响羔羊小肠中核心微生物菌属的组成。
关键词： 藏西北白绒山羊 早期断奶 高通量测序 肠道菌群 肠道屏障
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茶六斑褐锦斑蛾Sorita pulchella线粒体基因组特征与系统发育分析
《河南农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解茶六斑褐锦斑蛾（Sorita pulchella）线粒体基因组特征，探究其分类地位，并分析蛾类高级分类阶元的系统发育关系。【方法】野外采集西藏自治区林芝市易贡茶场发生的茶六斑褐锦斑蛾。采用高通量测序的方法获得线粒体基因组序列并分析其基因组结构特征；用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树，探讨鳞翅目斑蛾科昆虫系统发育关系。【结果】茶六斑褐锦斑蛾（GenBank登录号：MZ157403）线粒体基因组序列的总长度为15 216 bp,编码37个基因，即13个蛋白质编码的基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因（rrnL和rrnS）和1个A+T富含区。其基因组成与其它已知的鳞翅目昆虫一致。蛋白质编码基因的A+T的含量为77.7%,长度为10 830 bp。tRNA中的A+T的含量则为80.9%。22个tRNA的二级结构仅trnS1缺少二氢尿嘧啶环，其它tRNA的二级结构都为典型的三叶草型。20个种进行了系统发育分析，包括两个外群。贝叶斯系统发育树显示斑蛾科内的系统发生关系为：（Zeuzera multistrigata+Endoxyla cinereus）+（（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens））））+（（Phauda flammans+Zygaenafilipendulae+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+Eterusia aedea+（Histia rhodope+Sorita pulchella）））））））。最大似然树的结果为：（Endoxyla cinereus+Zeuzera multistrigata+（（Apoda limacodes+Narosa nigrisigna）+（（Iragoides fasciata+（Thosea sinensis+Thosea sythoffi））+（Parasa consocia+（Mahanta tanyae+Monema flavescens）））+（Zygaena filipendulae+（Phauda flammans+（（Illiberis pruni+Illiberis ulmivora）+（Pidorus atratus+（（Amesia sanguiflua+Rhodopsona rubiginosa）+（Histia rhodope+（Eterusia aedea+Sorita pulchella）））））））））。【结论】斑蛾科和刺蛾科皆为单系群。贝叶斯系统发育结果表示，六星斑蛾和朱红毛斑蛾分化较早，梨星毛虫与榆斑蛾互为姐妹群，玉带斑蛾单独成为一支，釉锦斑蛾和黑心赤眉锦斑蛾互为姐妹群，茶六斑褐锦斑蛾与重阳木褐锦斑蛾互为姐妹群，它们组成的一支再与茶柄脉锦斑蛾互为姐妹群。
关键词： 茶六斑褐锦斑蛾 线粒体基因组 高通量测序 系统发育关系
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藏沙蒿与多年生禾草混播对西藏沙化草地植被及土壤真菌群落特征的影响
《草业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了明确青藏高原沙化草地的最佳混播修复草种比例及修复过程中的植被-土壤生态环境效应,本研究在西藏沙化草地构建人工修复试验小区,设置了西藏原生种质藏沙蒿及多年生垂穗披碱草和细茎冰草不同比例混播处理,分别为AG1(4︰1︰2),AG2(4︰2︰1),AG3(5︰1︰1),以未修复沙化裸地为对照(CK),同时以原位条件下天然草地(NG)做比较.种植试验开展3年后,测定植被生物量、土壤理化性质指标,同时采用ITS测序技术和FUNGuild功能预测的方法,研究土壤真菌的群落结构及功能的变化规律.结果表明:1)与未修复沙化土地相比,混播修复3年的各处理可使地上生物量(AGB)和地下生物量(BGB)提高3倍以上,并显著增加土壤含水量(WC)、有机质(OM)、碱解氮(AN)、有效磷(AP)和速效钾(AK)含量(P<0.05).2)AG3 处理下土壤真菌多样性最高,真菌群落结构与天然草地最相似.3)各沙化修复处理与NG间土壤中的担子菌门和被孢霉门存在显著差异(P<0.05).冗余分析结果显示,BGB、AN、AP和pH是影响土壤真菌门水平群落结构的主要环境因子,担子菌门的相对丰度与BGB和pH呈正相关,被孢霉门的相对丰度与BGB、AN和AP呈正相关.4)基于FUNGuild功能预测,所有土壤样品中检测出腐生、病理和共生3类营养型和5类交叉营养型功能菌群,其中病理型、腐生型、病理-腐生型、病理-腐生-共生型和共生型为主要的营养型.由此可见,藏沙蒿与多年生禾草垂穗披碱草和细茎冰草混播有提高沙化草地植物生物量的作用,三者按5︰1︰1混播的修复土壤效果最优,可以有效改善土壤养分和真菌丰富度,从而改变土壤真菌群落结构和功能.
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藏北一年生人工草地弃耕不同年限的土壤微生物群落特征研究
《中国草地学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：探讨人工草地弃耕对高寒草甸土壤微生物群落的影响,可为藏北高寒草地生态保护提供理论参考.分别采集弃耕2年、弃耕10年的人工草地和天然草地表层(0~10 cm)土壤样品,采用高通量测序技术分析土壤微生物群落组成和多样性变化.结果表明:土壤细菌群落独有OTUs表现为天然草地(5416)>弃耕2年(5057)>弃耕10年(3933),真菌群落独有OTUs表现为弃耕10年(1638)>弃耕2年(1564)>天然草地(1266).不同弃耕年限土壤微生物群落多样性无显著差异.细菌群落(门和属水平)组成的主要影响因子为土壤pH值、有机质含量和速效氮含量,真菌群落门水平主要影响因子为土壤速效氮含量、pH值、速效磷含量和有机质含量,属水平主要影响因子除上述因子外还包括速效钾含量.总之,微生物群落组成与土壤因子密切相关.
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冻干/新鲜青稞老面发酵青稞面团的细菌群落结构比较分析
《东北农业科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为初步探讨青稞老面冻干粉作为发酵剂,发酵生产青稞馒头的可行性,本研究分别以冻干青稞老面(QKDG)与新鲜青稞老面(QKXX)发酵生产青稞面团,同时利用高通量测序技术对青稞面团细菌群落结构进行比较分析.结果表明:细菌门水平上,在QKDG和QKXX中硬壁菌门都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的81.76%和92.47%;细菌科水平,在QKDG和QKXX中明串珠菌科都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的70.29%和48.24%;细菌属水平,在QKDG和QKXX中魏斯氏菌属都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的68.41%和44.39%.从细菌群落热图可以看出,QKDG和QKXX细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性;系统进化树表明在QKDG和QKXX两个样本中的优势菌群为魏斯氏菌属、乳杆菌属、明串珠菌属和蓝细菌,其进化关系是魏斯氏菌属和明串珠菌属的进化关系最近,其次为乳杆菌属、蓝细菌与其他属之间的进化关系最远.通过比较初步确定冻干青稞老面可以作为青稞馒头生产的发酵剂.
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拉萨地区青稞种植土壤中细菌多样性高通量分析
《生物学杂志 》 2020 CSCD
摘要：为了解拉萨地区青稞种植农田土壤中细菌群落结构,明确不同青稞生长时期和不同地点对细菌多样性的影响,以青稞种植土壤为试验材料,通过高通量测序技术分析青稞种植土壤中细菌的群落结构及多样性.结果显示:本次种植青稞土壤微生物测序每个样品获得37 265~40 008条有效序列和4094~4730个OTU,稀释曲线和测序深度指数反映此次测序结果比较全面地覆盖了土壤微生物群落;不同时期各样品的Shannon指数和OTU数量均值大小为Group 1(3月25日、播种前期) 全文链接
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牦牛不同年龄肌肉组织microRNA表达谱及生物信息学分析
《畜牧兽医学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：旨在挖掘牦牛不同年龄肌肉组织中miRNA表达谱,分析其生物学特征,以探索其在牦牛肌肉发育过程中的调节模式。本研究构建0.5、2.5、4.5和7.5岁肌肉组织的4个小RNA文库,利用Solexa技术进行测序,用生物信息学方法和RT-qPCR技术对测序结果进行分析和验证。结果,获得各miRNAs分别在4个年龄段肌肉组织中的表达量,在7.5岁肌肉组织中发现58个共同与0.5、2.5、4.5岁差异表达的miRNAs,其中53个miRNAs在7.5岁肌肉组织中显著下调,5个显著上调。运用R语言进行GO富集和KEGG信号通路分析,58个miRNAs可能通过PI3K-Akt、MAPK、Ras和肌动蛋白细胞骨架调节通路(regulation of actin cytoskeleton)参与调节牦牛肌肉细胞的增殖与分化,且PI3K-Akt、MAPK、Ras 3个信号通路共同靶向53个靶基因,说明3个信号通路相互关联。随机选择8个miRNAs进行RT-qPCR验证,结果表明其中7个miRNAs的表达趋势与测序结果一致。结果表明,牦牛肌肉发育可能受到多种miRNA的调控并涉及多个信号通路,有助于构建肌肉组织中miRNA的调控网络,为进一步研究miRNA调控哺乳动物肌肉发育奠定了理论基础。
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尖裸鲤病变死亡后微生物群落结构变化分析
《西南农业学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文探讨了尖裸鲤因水霉菌病变死亡后的微生物群落结构变化特征。【方法】采用Illumina-Miseq高通量测序技术对尖裸鲤健康个体和因水霉菌病变死亡个体的表皮皮肤粘液及肠道内容物的微生物多样性进行分析。【结果】尖裸鲤因水霉菌病变死亡后其表皮皮肤和肠道中细菌群落多样性减少,而其真菌多样性增加。尖裸鲤病变死亡后其表皮皮肤粘液中Pseudomonas sp.、Vagococcus sp.、Providencia sp.、Morganella sp.、Pleosporales、Mucorales、Tremellales和Agaricomycetes等8种优势微生物菌群减少,而Acinetobacter sp.、Proteus sp.、Carnobacterium sp.和Malassezia sp.等4种优势微生物菌群增加。同时,尖裸鲤病变死亡后其肠道中Acinetobacter sp.、Flavobacterium sp.、Vagococcus sp.、Carnobacterium sp.、Bacillus sp.和Malassezia sp.等6种优势微生物菌群减少,而Pseudomonas sp.、Tremellales和Agaricomycetes等3种优势微生物菌群增加。【结论】细菌和真菌的群落结构变化是尖裸鲤病变死亡的主要原因。
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西藏黄牡丹授粉前后转录组测序和生物信息学分析
《西藏农业科技 》 2017
摘要：采用Illumina Hiseq2000高通量测序技术对西藏黄牡丹授粉前后花蕾转录组测序,运用生物信息学分析基因表达谱研究和差异表达基因功能预测,以期了解西藏黄牡丹授粉前后花蕾生长发育分子机理,并为西藏黄牡丹的基因水平研究奠定基础。结果表明:对过滤得到的高质量序列进行拼装授粉前(A2-1)和授粉后(A3-1)平均得到了45453条和53742条unigenes,GC含量分别为41.64%和41.98%,Unigenes的平均长度为822bp和722bp。两个样品之间差异表达的上调基因有11321个,差异表达的下调基因有5585个。其中13288个差异表达基因(DGEs)分别注释到GO数据库,分别涉及到细胞组成成份(cellular component),生物学过程(biological process)和分子功能(molecular function)三大功能。KEGG数据库成功注释9842个DEGs,占总DEGs的58.22%。共涉及Cellular Processes(细胞过程)、Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、Human Diseases(人类疾病)、Metabolism(代谢)、Organismal Systems(生物系统)等6个大的功能类别。本研究首次对西藏黄牡丹转录组进行了分析,为黄牡丹的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。
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