基于转录组分析温度诱导黑斑原（Glyptosternummaculatum）选择性剪接的变化

王万良; 周建设; 扎西拉姆; 张驰; 陈美群; 《水产学杂志 》 2022 北大核心

摘要：将采自多雄藏布支流（N29°27'58.72",E 86°54'36.06"）的90尾雌性黑斑原（Glyptosternum maculatum）分为3组，每组30尾：A组为对照组，水温为12℃；B组以2℃/h从12℃下降到4℃；C组以2℃/h上升，达到24℃时，黑斑原濒死时开始实验，利用转录组数据分析黑斑原在温度诱导后的选择性剪接的变化。结果表明：高温组（24℃）、对照组（12℃）和低温组（4℃）处理后，黑斑原肝脏中选择性剪接事件存在互斥外显子（MXE）和外显子跳跃（SE）两种类型；高温和低温处理后选择性剪接事件和基因均明显减少，高温组和低温组分别比对照组减少了16.39%、16.35%和5.17%、6.21%；与对照相比, 24℃和4℃分别有75和32个特有基因高表达。GO分析显示，在24℃时分别有190、88和318个基因富集到生物学过程、细胞定位和分子功能，而4℃分别有101、50和210个基因富集到这3个GO分类中。KEGG分析显示，83和9通路分别显著富集在24℃和4℃，其中通路内质网蛋白质加工和嘌呤代谢在高温组和低温组共有，2个通路中显著差异基因为xdh、papss2、impdh1、polr3h、dnajc1、derl2和dnajc10，其中dnajc1基因在高温组和低温组均差异显著。dnajc1基因属hsp40亚家族成员，生物信息学分析发现dnajc1基因在4℃和12℃中均为1个剪接体，高温处理后产生了2个剪接体，说明dnajc1基因在黑斑原遭遇温度诱导后肝脏通过产生选择性剪接体来保护细胞内的稳态。本研究首次研究了黑斑原应对温度反应的选择性剪接，为了解鱼类应对非生物应激的分子机制提供理论基础。

关键词： 转录组 黑斑原 温度诱导 选择性剪接