科研产出
黑斑原鮡（Glyptosternum maculatum）皮肤RNA-Seq数据中补体样组分分析
《高原科学研究 》 2022 CSCD
摘要：黑斑原鮡为我国雅鲁藏布江特有鱼类，其皮肤补体系统在适应低温、急流水域特性中发挥着重要的作用。文章基于前期RNA-Seq数据检索黑斑原鮡（Glyptosternum maculatum）皮肤补体样组分，并对其结构域及高温应激后的基因表达水平进行了分析。结果表明：共获得79条补体样成分unigene，分别编码1个C1q结构域蛋白、1个含C1r结构域蛋白、3个纤维蛋白原相关蛋白、10个丝氨酸蛋白酶、11个含硫酯键蛋白、7个补体受体、14个补体调节因子及4个纤胶凝蛋白。结构域分析表明：黑斑原鮡补体样组分均含有相应的保守结构域，与其他鱼类补体组分的研究结果基本一致。经15℃养殖水温刺激后，79条补体样组分unigene中共有47条unigene表达上调，其中8条为模式识别受体unigene，结合其他鱼类补体组分的研究结果，推测黑斑原鮡已形成了一个含有多种补体组分的补体系统，且具有凝集素途径或替代途径行使补体的生物学功能。
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斜纹夜蛾四龄幼虫暴食相关基因的鉴定和通路分析
《植物保护学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为绿色高效防治斜纹夜蛾Spodoptera litura,采用高通量测序技术对斜纹夜蛾暴食前期(3龄期)和暴食初始期(4龄期)进行转录组测序,筛选暴食前期和暴食初始期斜纹夜蛾差异基因,并对其高表达基因的代谢通路进行KEGG富集分析,随机选择缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解通路的5个关键基因对其表达量进行测定,以验证转录组测序结果的正确性。结果显示,从转录组数据中共拼接了17 045条unigenes,其中有876条是新发现的unigenes,16 625条unigenes有注释信息;5个基因的实时荧光定量PCR结果与转录组测序分析结果一致,表明转录组分析结果可信;在暴食初始期高表达的基因主要为血淋巴脂多糖结合蛋白基因,暴食初始期高表达基因富集度最大的通路主要为支链氨基酸代谢通路,其次是脂肪酸降解通路,表明暴食初始期斜纹夜蛾在增强其消化系统功能和营养吸收能力的同时,也加强了其能量代谢,为幼虫获取更多的食物提供动力。
关键词： 斜纹夜蛾 幼虫 暴食期 转录组测序 代谢通路 实时荧光定量PCR
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产双羔彭波半细毛羊发情期卵巢基因表达差异研究
《四川动物 》 2020 北大核心
摘要：彭波半细毛羊是西藏自治区第一个国家级家畜新品种,对其产羔性状的研究有助于推动藏绵羊繁殖力研究工作。为研究产双羔彭波半细毛羊发情期内卵巢基因的特异调控模式,采用转录组测序对其差异表达基因进行了筛选和分析。结果发现,双羔组相对于单羔组有1 021个基因表达上调,1 468个基因表达下调。GO和KEGG分析发现,上调基因主要与细胞膜结构相关,下调基因主要与物质代谢等相关。其中,上调基因显著富集于与细胞膜相关的细胞粘附、细胞运动、物质运输、信号转导等生命活动。研究结果表明,双羔组卵巢内细胞的物质运输和信号转导频率加快,以促进卵泡的分化和发育;同时,双羔组卵巢内细胞的粘附及运动功能增强,有利于卵母细胞的发育和成熟卵子的排出。此外,卵巢中细胞粘附因子、TGF-beta信号通路和溶质运载蛋白家族基因的上调表达可作为彭波半细毛羊产双羔性状的潜在信号进行更深入的研究。研究结果不仅有利于对彭波半细毛羊产双羔性状的研究和利用,更有利于人们对藏绵羊繁育力的深入研究。
关键词： 彭波半细毛羊 产羔数性状 卵巢发育 转录组测序 差异表达基因
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miR-127-3p对C2C12细胞成肌分化和转录组的影响
《西北农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：前期研究表明,miR-127-3p参与骨骼肌细胞分化的调控,但对于miR-127-3p调控的靶基因及其在成肌分化中的作用还不清楚。应用qRT-PCR与细胞形态学方法研究过表达miR-127-3p对C2C12成肌细胞分化及成肌标志基因MyoD、MyoG和Myosin表达的影响;RNA-Seq分析过表达miR-127-3p对成肌细胞转录组的影响,鉴定差异表达基因并对其功能进行初步研究。结果表明,过表达miR-127-3p显著促进C2C12细胞的成肌分化与MyoD、MyoG和Myosin表达;RNA-Seq分析共鉴定到3个差异基因,均为下调基因,其中包括2个转录因子(Irf7和Ddit3)。GO与KEGG分析显示,这些差异基因显著富集于免疫和能量代谢过程/信号通路。生物信息学分析发现,miR-127-3p可与Ddit3基因的CDS区发生碱基互补配对,进而抑制其表达。表明在转录组水平上,miR-127-3p可能通过直接靶向Ddit3基因/转录因子调控免疫与能量代谢类基因的表达,进而调节成肌细胞分化。
关键词： RNA-Seq microRNA 过表达 C2C12 成肌分化
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