科研产出
燕麦sHSP基因家族的鉴定及其响应高温及老化的表达分析
《草业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：小热激蛋白（sHSPs）是植物体中普遍存在的由核基因编码的一类蛋白，具有保守的ACD结构域，能够在高温、干旱以及老化等胁迫刺激中发挥重要作用。本研究利用生物信息学方法在燕麦基因组中鉴定得到24个HSP20(AsHSP20.1～AsHSP20.24)基因，并对AsHSP20家族成员的理化性质、蛋白结构、亚细胞定位、系统进化、保守基序和保守结构域、基因染色体位置以及响应高温及老化基因的表达等进行系统分析。研究发现AsHSP20基因分布在17条染色体上。编码氨基酸数目136～529 aa，分子量大小14.9～58.1 kDa，理论等电点5.30～8.79。HSP20成员多定位在核、胞质和叶绿体上，部分定位在质膜、线粒体、过氧化物酶体以及胞外。蛋白质二级结构和三级结构分析表明AsHSP20成员确定有β-折叠结构。根据保守基序组成与系统发育关系分析，AsHSP20基因家族被分为11个亚组，同一亚组成员之间具有相似或相同的保守基序，表明这些蛋白之间具有功能的相似性。进一步分析自然老化和人工老化处理下AsHSP20基因的表达情况，结果表明AsHSP20.20、AsHSP20.24基因在自然老化处理与人工老化处理下共同下调表达，推测AsHSP20.20和AsHSP20.24在两种老化方法下共同参与调控燕麦种子活力降低的过程，可作为燕麦种子寿命及抗老化种质育种研究的候选基因。研究为AsHSP20基因家族在燕麦种质老化过程中的调控机制提供了有价值的信息，也为进一步探究燕麦HSP20基因的功能及种子抗衰老分子机制提供了理论支撑。
关键词： 燕麦 种子老化 HSP20基因家族 系统进化 表达分析
全文链接
请求原文
马铃薯PAL基因家族的全基因组鉴定及其在非生物胁迫下和块茎花色素苷合成中的表达分析
《作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：苯丙氨酸解氨酶(phenylalanin ammonia-lyase,PAL)是苯丙烷代谢途径的限速酶和关键酶,在植物生长发育过程中发挥着重要作用.本研究在马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平下,利用BlastP和HMM 3.1 鉴定到 8个PAL基因家族成员,利用ExPASy、CELLO、PlantCARE等在线工具,对PAL基因家族成员的进行生物信息学分析.利用PGSC数据库下载的RNA-seq数据,分析了StPALs在双单倍体(DM)马铃薯不同组织部位和非生物胁迫下的表达模式.对 3 个不同颜色马铃薯块茎组织(皮和肉)进行RNA-seq,以及利用 3 个不同颜色块茎杂交子代的薯肉进行qPCR分析.结果表明,8 个StPALs分布在 3、5、9 和 10 号染色体上,它们与烟草(Nicotiana tabacum)PAL的亲缘关系较近.StPAL基因成员的启动子区域内含有多个顺式元件,包括光响应、逆境胁迫响应、激素响应、生长发育相关和转录因子调控的多种顺式元件.StPAL2 在匍匐茎中特异表达,StPAL3/5/8 在块茎和匍匐茎中特异表达,StPAL3 在甘露醇处理下下调表达,StPAL3 和StPAL8 在热胁迫中上调表达.它们可能参与了马铃薯块茎的发育和非生物胁迫响应.5 个StPALs(StPAL3/4/5/6/8)基因在彩色薯肉中均上调表达,可能参与马铃薯薯肉中花色素苷的生物合成.这些结果为进一步了解StPAL基因家族特征,深入分析StPALs基因在马铃薯中的功能提供了理论依据.
关键词： 马铃薯 PAL基因家族 非生物胁迫 花色素苷生物合成 表达分析
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
