科研产出
类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达
《黑龙江畜牧兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P<0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。
关键词： 牦牛 黄牛 egl-9家族缺氧诱导因子1基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析 荧光定量PCR
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短密木霉菌RT-PCR检测体系的建立及其在南瓜根际的动态分析
《中国生物防治学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：根据短密木霉菌31636 ITS基因序列设计特异性引物TB51F/51R,建立其荧光定量PCR(RT-PCR)检测体系。通过盆栽试验明确短密木霉菌31636对南瓜疫病的防治效果,并采用RT-PCR检测技术监测短密木霉菌31636与辣椒疫霉菌LJ12010805在南瓜根际土中的动态变化。试验结果表明,利用该引物建立的RT-PCR检测体系线性关系良好,灵敏度为0.16 pg/μL,是普通PCR的100倍。采用拌土法接种短密木霉菌31636菌悬液10 m L育苗对南瓜疫病的防效最佳,定植后第15、30 d时防治效果分别为75.63%和46.82%。RT-PCR检测结果显示基质土中短密木霉菌31636呈减-增-减的动态变化规律,15 d时菌量最大,拷贝数为3.44×106 copys/μL;于定植后第3、15 d辣椒疫霉菌LJ12010805菌量分别达到最大、最小值,拷贝数分别为2.42×106 copys/μL和5.76×102 copys/μL。而对照的辣椒疫霉菌LJ12010805菌量持续增加,监测的第30 d拷贝数最大,为8.42×107 copys/μL。
关键词： 短密木霉菌 南瓜疫病 荧光定量PCR 动态变化 防效
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