口蹄疫病毒Hankou/99株基因组全序列测定与基因特征分析

曾江勇; 《中国畜牧兽医 》 2014 北大核心

摘要：本研究主要对口蹄疫病毒(FMDV)Hankou/99株全基因序列进行测定,通过基因序列分析,确定其基因型,丰富了FMDV基因库,为研究猪源FMDV的分子变异、感染性分子克隆及致病机理奠定基础。从感染FMDV Hankou/99株的细胞液中提取RNA,通过RT-PCR技术,获得猪FMDV Hankou/99分离株覆盖全基因组的5个cDNA片段(S、L、C、D、E),分别对这些片段进行克隆和序列测定。结果显示,FMDV Hankou/99株全基因组长8099bp;5′NCR长1040bp,开放阅读框长6966bp;3′NCR长93bp,其后是30个碱基的连续poly(A)结构。通过与参考株基因组结构比较分析,显示其在分类地位上属于O型FMDV,并与猪源FMDV毒株OLZ、TW/97同源性较高,特别是3A区域上都有30bp的缺失。另外,通过与9个参考株的VP1系统发生树分析,显示其与OLZ、TW/97、O/Akesu/58、O/OMⅢ4个毒株为同一基因型。

关键词： 口蹄疫病毒 Hankou/99株 全基因组 序列测定 VP1