科研产出
利用RNA-Seq鉴定调控甘蓝型油菜叶片光合特性的低温胁迫应答基因
《生物技术通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：明晰甘蓝型油菜光合特性对低温胁迫的响应,鉴定相关应答基因,以耐寒材料17NS和敏感材料NF24为研究对象,通过Illumina HiSeqTM 2000平台进行RNA-Seq分析,探讨-4℃处理24 h后甘蓝型油菜的叶片形态、光合参数、叶片超微结构、基因调控表达模式等响应低温胁迫的分子机制.结果表明,低温胁迫下甘蓝型油菜响应光合调控的显著富集途径为光合作用途径和光合作用-天线蛋白途径,这两种途径中有64个特异表达基因,其中8个上调表达,56个下调表达,大部分注释到分子组成和生物学过程中,证实了光合作用与低温胁迫导致的幼苗叶片萎蔫、叶绿体数量和形态发生变化、类囊体结构受损、相对电解质渗透率增加等现象有关.通过qRT-PCR鉴定,前17个DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性,其中BnFd1(LOC106350097)和BnCP26(LOC106440450)均响应低温胁迫上调表达.BnFd1编码氨基酸产物是叶绿体上的铁氧还蛋白1(BnFd1),属于不稳定亲水蛋白,定位于叶绿体和细胞质中,存在一个信号肽,属于PLNO3136超家族,存在保守的Fd1结构域;BnCP26编码氨基酸产物是类囊体上叶绿素a-b结合蛋白CP26(BnCP26),属于稳定亲水蛋白,位于叶绿体中,无信号肽,属于叶绿素a_b结合超家族,存在保守的叶绿素A-B结合蛋白结构域.成功鉴定出2个甘蓝型油菜叶片低温应答基因BnFd1和BnCP26,与光合特性调控关系密切,物种间功能保守.
关键词： 甘蓝型油菜 低温胁迫 差异表达基因 BnFd1 BnCP26
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产双羔彭波半细毛羊发情期卵巢基因表达差异研究
《四川动物 》 2020 北大核心
摘要：彭波半细毛羊是西藏自治区第一个国家级家畜新品种,对其产羔性状的研究有助于推动藏绵羊繁殖力研究工作。为研究产双羔彭波半细毛羊发情期内卵巢基因的特异调控模式,采用转录组测序对其差异表达基因进行了筛选和分析。结果发现,双羔组相对于单羔组有1 021个基因表达上调,1 468个基因表达下调。GO和KEGG分析发现,上调基因主要与细胞膜结构相关,下调基因主要与物质代谢等相关。其中,上调基因显著富集于与细胞膜相关的细胞粘附、细胞运动、物质运输、信号转导等生命活动。研究结果表明,双羔组卵巢内细胞的物质运输和信号转导频率加快,以促进卵泡的分化和发育;同时,双羔组卵巢内细胞的粘附及运动功能增强,有利于卵母细胞的发育和成熟卵子的排出。此外,卵巢中细胞粘附因子、TGF-beta信号通路和溶质运载蛋白家族基因的上调表达可作为彭波半细毛羊产双羔性状的潜在信号进行更深入的研究。研究结果不仅有利于对彭波半细毛羊产双羔性状的研究和利用,更有利于人们对藏绵羊繁育力的深入研究。
关键词： 彭波半细毛羊 产羔数性状 卵巢发育 转录组测序 差异表达基因
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西藏黄牡丹授粉前后转录组测序和生物信息学分析
《西藏农业科技 》 2017
摘要：采用Illumina Hiseq2000高通量测序技术对西藏黄牡丹授粉前后花蕾转录组测序,运用生物信息学分析基因表达谱研究和差异表达基因功能预测,以期了解西藏黄牡丹授粉前后花蕾生长发育分子机理,并为西藏黄牡丹的基因水平研究奠定基础。结果表明:对过滤得到的高质量序列进行拼装授粉前(A2-1)和授粉后(A3-1)平均得到了45453条和53742条unigenes,GC含量分别为41.64%和41.98%,Unigenes的平均长度为822bp和722bp。两个样品之间差异表达的上调基因有11321个,差异表达的下调基因有5585个。其中13288个差异表达基因(DGEs)分别注释到GO数据库,分别涉及到细胞组成成份(cellular component),生物学过程(biological process)和分子功能(molecular function)三大功能。KEGG数据库成功注释9842个DEGs,占总DEGs的58.22%。共涉及Cellular Processes(细胞过程)、Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、Human Diseases(人类疾病)、Metabolism(代谢)、Organismal Systems(生物系统)等6个大的功能类别。本研究首次对西藏黄牡丹转录组进行了分析,为黄牡丹的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。
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