科研产出
1株牦牛源停乳链球菌全基因组测序及生物学特性分析
《中国兽医学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：对西藏那曲市牦牛乳汁样本进行细菌分离鉴定、药敏试验、毒力基因检测及致病性试验，以评估分离菌株的生物学特性，同时通过全基因组学测序进行毒力因子和耐药基因等分子生物学信息分析，并通过PCR对毒力基因进行验证。结果显示，从牦牛乳汁中分离出1株停乳链球菌，其菌落形态为针尖大小、边缘光滑、呈乳白色。该菌株对多种抗生素(青霉素G、头孢类、环丙沙星、四环素、红霉素等)敏感。毒力基因检测结果显示，该菌株携带了6种关键毒力基因(cyl、eno、scpB、bca、bac和napr),这些基因可能与其致病性密切相关。致病性试验中，小鼠在感染后精神萎靡、活动减少，但在观察期内未发生死亡。剖检发现脾脏、肾脏、肝脏肿大及肺组织病理变化，提示该菌株具有一定的致病潜能但非高致死性。全基因组测序数据显示，该菌株基因组长为4 079 280 bp, GC含量为39.41%,3 964个编码基因被预测，其中604个被注释为毒力因子，另有28个基因突变可能增强了其病原致病能力。通过CARD数据库注释，发现存在2个PatA抗性基因和2个lmrp抗性基因，揭示了其潜在的耐药机制。本研究通过全基因组测序技术结合生物信息学分析方法，揭示了牦牛源停乳链球菌的基因组特征及其耐药性和致病性机制，为深入探索牦牛源停乳链球菌的致病机理、耐药机制以及分子进化规律提供重要的科学依据。
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比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点
《西北农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组F_(ST)以及H_P比值的结果显示,2号染色体56.475～56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(F_(ST)=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大(△AF>0.5),特别是其中1个SNP位点(chr2:56559507,C>T)的△AF高达0.87。在7号染色体45.05～59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析, SPINK5、 TCOF1、PPARD等基因显著富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是 SPINK5基因上游5kb处2个SNPs(c.-4283A>G、c.-4295G>A)的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。
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